Умовні і безумовні рефлекси можуть бути змінені за допомогою переобусловливания. У разі безумовного рефлексу це може відбутися (окремий випадок!) за рахунок придбання несумісного позитивного або аверсивного рефлексу, у разі умовного рефлексу — за рахунок угашения, будь то або в уяві (принцип функціональної схожості уяви і сприйняття), або в реальності. Оскільки чистий рефлекс (якого б вигляду він не був) в емоційній сфері у людини навряд чи може виникнути ізольовано (можливо, хіба що у немовлят), оскільки завжди має місце комплексна взаємодія з когнітивними процесами, суггестіями і т. д., то вживані методики переобусловливания інтерпретувати складніше, ніж прийнято вважати. Найбільш близька по своєму духу до таких методів систематична десенсибилизация (Wolpe, 1958), яка є заходами щодо релаксації, під час якої пацієнт уявляє собі зухвалі страх подразники. З погляду теорії навчення це краще всього інтерпретується або як угашение і генералізує угашения за оптимізованих умов, або як реципрокное гальмування (у розумінні Вольпе), або як переобусловливание (реакції релаксації заміщають реакції тривоги). Насправді механізм дії до цих пір невідомий, оскільки мова може йти також і про тренінг имплицитного подолання, або про когнітивний переструктурировании в процесі терапевтичної бесіди (клієнт дізнається, наприклад, що у багатьох людей є схожі проблеми, що він не божевільний, що психотерапевт відноситься до нього з повагою, не дивлячись на наявність у нього проблем).
Таким чином, стає ясно, що навіть вузько специфічна техніка інтервенції може впливати на різні процеси. Це справедливо mutatis mutandis також і для інших методик переобусловливания, так званої «повені» (flooding), при якій клієнти протягом тривалого часу (частіше всього до двох годинників підряд) неодноразово піддаються дії зухвалих тривогу стимулів (Marks, 1969). Так, наприклад, було встановлено (van Hout, Emmelkamp & Scholing; 1994), що при експозиційній терапії панічних розладів з агорафобією кількість негативних висловів про саме собі є кращим предиктором терапевтичного успіху. Тому дані автори пропонують не закінчувати терапію в той момент, коли ослабіє суб'єктивне і фізіологічне збудження, а продовжувати до тих пір, поки не зникнуть негативні вислови про себе.
При дослідженні нейрофізіологічних основ тривоги Ле Ду (LeDoux) прийшов до висновку, що амигдала в лимбической системі грає основну роль. Її вплив можливий безпосередньо через таламус або таламокортикальный тракт. «The thalamic pathway is sufficient for the rapid triggering of emotion by simple stimulus features (as in simple conditioning), whereas the cortical pathway appears to be needed for emotional reactions coupled to perceptually complex stimulus objects (as in differential conditioning)» («Таламусний тракт придатний для швидкого виклику емоції за допомогою простого виду стимулу (як при простому обумовленні), тоді як тракт кори головного мозку виявляється необхідним для емоційних реакцій, пов'язаних із сприйняттям складних стимулюючих об'єктів (як при диференціальному обумовленні)») (1995, Р. 213). Крім того, емоційні реакції можуть виникати і без участі когнітивних систем; так, наприклад, дуже рання травма не зберігається в декларативній, свідомій пам'яті, оскільки до часу її виникнення необхідні для неї структури гіпоталамуса ще не розвинулися. З цього виходить, як показав Пекрун (див. розділ 30.2), що в таких випадках терапія, поновлююча спогади, ймовірно, мало ефективна. Емоційні спогади, опосередковані амигдалой, теж неусувні, їх можна тільки кортикально загальмувати. Він робить вивід: «The role of therapy may be to allow the cortex to establish more effective and efficient links with the amygdala» («Роль терапії полягає, можливо, в тому, щоб дозволити корі встановлювати ефективніші зв'язки з амигдалой») (указ. источ. Р. 229). Питання в тому, як це зробити. Свідчення до терапії залишаються не ясними. Так, наприклад, дуже високих результатів при лікуванні булімії і агорафобії дозволяє досягти простій метод «повені», хоча ці розлади виникають в досить пізній період життя і знаходяться під сильним впливом когнітивних процесів (Jansen, Broekmate & Heymans, 1992; Emmelkamp, 1994).