После смерти бездетного царя Федора Алексеевича (27 апреля 1682) осталось два брата — Иван Алексеевич (сын Алексея Михайловича и Марии Ми-лославской) и Петр Алексеевич (сын второй жены Алексея Михайловича — Натальи Нарышкиной).
15 мая 1682 г. в Москве начался бунт — собравшиеся со всех приказов московских стрельцы двинулись к царскому дворцу, по пути убив князей Юрия и. Михаила Долгоруковых, Ивана Языкова, Артамона Матвеева и братьев Натальи Кирилловны — Ивана и Афанасия Нарышкиных, разгромили Стрелецкий и Холопий приказы.
В результате 23 мая были «выкрикнуты» на царство, а 25 июня — венчаны Петр Алексеевич и Иван Алексеевич (первый — малолетний, второй — слабоумный). Поэтому власть фактически оказалась в руках царевны Софьи и поддерживавших ее Василия Голицына, Ивана Милославского и др. Однако через некоторое время Софье и обоим царям пришлось покинуть Москву и остановиться в Троице-Сергиевом монастыре, поскольку восстание не прекращалось. Власть в Москве захватил князь Иван Андреевич Хованский. И только после казни Хованского (21 сентября 1682 г.) Софья, Наталья Кирилловна, Петр и Иван возвращаются в Москву. Началось семилетнее правление царевны Софьи (1682-1689).
Историки по-разному оценивают этот период. Значительная часть считает, что, хотя сама Софья была весьма умна, знала польский язык, латынь и даже сочиняла стихи, каких-либо радикальных преобразований ни она, ни ее окружение не хотели. Другие, напротив, полагают, что, поскольку Софья во многом опиралась на В.В. Голицина, ее правление было попыткой реализации его программы.
Прежде всего, следуег отметить усиление органов дословного представительства в центре и на местах: Голицын руководил в 1681-1682 гг. двумя комиссиями Земского собора, в 1684 г. восстановил ранее упраздненный институт губных старост. Одновременно шло укрепление центрального госаппарата: дела, касающиеся определенных сфер экономики и политики, были переведены в ведение нескольких отдельных приказов. Административная политика сопровождалась укреплением финансовой системы: в 1679 г. был введен новый налог — стрелецкие деньги, — шедший на содержание армии.
Расширяются контакты с Западом и борьба за южные плодородные земли: Голицын расширил связи России с Европой, доброжелательно относился к иноземцам и около 15 лет участвовал в борьбе против Крыма. Активная внешняя политика была бы невозможна без военных реформ: Голицын заботился о создании регулярных полков. С улучшением боеспособности армии была связана борьба за отмену местничества: Голицын добился отмены местничества в 1682 г.
Компромисс с церковью позволил расширить просветительскую деятельность: была основана Славяно-греко-латинская академия. Сильвестр Медведев участвовал в создании первой светской типографии и боролся за создание университета.
Между тем, Петр достиг совершеннолетия и женился (в январе 1689 г.) на боярской дочери Евдокии Лопухиной.
Софья попыталась воспользоваться помощью стрельцов и отстранить Петра от престола.
В ночь с 7 на 8 августа 1689 г. было распространено подметное письмо, в котором говорилось, что потешные полки идут на Москву прибить Софью, царя Ивана и их ближних людей. Кремль занял отряд стрельцов, заперли все ворота. Еще один отряд собрали на Лубянке. Той же ночью двое стрельцов прибыли в Преображенское и предупредили Петра о готовящемся перевороте. Петр бежал в Троице-Сергиев монастырь. Туда же отправляется Наталья Кирилловна, Преображенский и Семеновский полки, а также верный Петру стрелецкий полк Сухарева.
13 августа Софья посылает в Троицкий монастырь боярина Ивана Троекурова, а позднее — патриарха Иоакима, чтобы они уговорили Петра вернуться в Москву. Однако Петр не вернулся, а гонцы Софьи остались с ним, 27 августа начался переход стрельцов из Москвы в лагерь Петра.
29 августа Софья сама отправляется в Троицкий монастырь, но в десяти верстах от монастыря ее встречает Троекуров и велит ехать обратно.
Только в начале сентября Петр вернулся в Москву. Начальник Стрелецкого приказа Шекловитов и другие сподвижники Софьи казнены, Голицын с сыном и женой сосланы, а сама Софья заключена в Новодевичий монастырь.
Правление Софьи на этом заканчивается, однако реальная власть сосредоточивается в руках Петра и Льва Кирилловичей Нарышкиных. Положение начинает меняться только после смерти Натальи Кирилловны (25 января 1694 г).
Со смертью царя Ивана V Алексеевича (29 января 1696 г.) установилось единовластие Петра.
В марте 1698 г., во время пребывания Петра I в Англии, четыре стрелецких полка двинулись из Азова на Москву. В Москве по рукам ходили письма от имени царевны Софьи, призывавшей своих сторонников на защиту трона и алтаря против государя мятежного и нечестивого. В конце июня повстанцы были разбиты и казнены.
25 августа Петр возвращается в Москву и следствие возобновляется. Софья, после допросов и пыток, пострижена в монахини под именем Сусанны и заключена в узкую келью Новодевичьего монастыря (умерла в 1704 г.), ее сестра пострижена под именем Маргариты в Успенском соборе; Евдокия Федоровна Лопухина пострижена в монахини под именем Елены в Суздальский Покровский женский монастырь.
Указом 11 сентября 1698 г. стрелецкие полки распущены, а 30 сентября 1698 г. в Москве начались казни стрельцов. Петр сам участвовал в казнях и того же требовал от своих приближенных. Несколько десятков стрельцов были повешены на Девичьем поле, около монастыря, а также у стрелецких изб.
После подавления стрелецкого восстания Петр приступает к целому ряду преобразований.
Некоторые историки считают, что Петр I проводил преобразования на протяжении всего своего правления, что специального плана проведения реформ не было. Существует точка зрения, что реформы Петра выросли под воздействием военных потребностей России. Другие же исследователи, напротив, считают, что проведение реформ было спровоцировано не только посещением Европы (указавшим основные направления преобразований), но и стрелецким бунтом, до некоторой степени предопределившим методы проведения реформ. Эти исследователи склонны считать проведение реформ планомерным и логичным.