В начале 90-х годов позицию Российской Федерации отличало стремление к максимальному сближению с США.
В апреле 1993 г. в Ванкувере прошла первая встреча президента США Б. Клинтона с президентом РФ Б.Н.Ельциным. Одним из результатов встречи стало поручение Клинтона вице-президенту Гору курировать американо-российские отношения. Дальнейшие отношения двух стран развивались как в формате диалога президентов, так и в рамках деятельности комиссии «Гор-Черномырдин». Активно содействовал налаживанию российско-американских деловых связей Совет по торгово-экономическому сотрудничеству СНГ-США (СТЭС), Американо-российский деловой совет и Американская торговая палата в России.
Параллельно с экономическими отношениями между РФ и США, развивались и военные контакты. Важным этапом в создании атмосферы доверия между двумя государствами стала достигнутая ими в декабре 1994 г. договоренность «в принципе» об обмене секретной информацией о размерах и составе их ядерных арсеналов. Военные представители обеих сторон должны были обменяться детальными отчетами о том, какое количество боеголовок каждая из стран изготовила начиная с 1945г., сколько боеголовок было выведено из строя или намечено к ликвидации, а также о сроках, в которые Россия и США выполнят соглашения в военной области, заключенные за время пребывания у власти президентов Рейгана и Буша.
Одновременно с достижением этой договоренности российский самолет АН-124 доставил на военную базу в Алабаме (США) образцы советского противовоздушного и противоракетного оборудования.
Шагом в укреплении отношений двух стран стал отказ Вашингтона в мае 1993 г. от проекта «звездных войн», или «стратегической оборонной инициативы» (СОИ) бывшего президента США Р. Рейгана Он был дезавуирован, но вместо него было решено развернуть работы по созданию наземной ПРО (противоракетной обороны), хотя создание такой системы было ограничено Договором 1972 г.
В мае 1995 г., во время пребывания в Москве Б. Клинтона, вновь была подтверждена приверженность обоих государств Договору по ПРО 1972 г.
Одним из факторов, приведших к некоторому ухудшению отношений двух стран, явилась победа на промежуточных выборах в Конгресс США в ноябре 1994 г. Республиканской партии. С этого момента некоторые политики США начинают критиковать Клинтона за его недостаточно активную и жесткую внешнюю политику, в том числе и в отношении России.
В то же время, в российско-американских отношениях процесс расширения сотрудничества почти постоянно сопровождается обострениями отношений между двумя державами. Так, например, США неоднократно грозили сократить или прекратить вообще помощь РФ, выражая поддержку требованиям Японии о возвращении ей Южных Курил. В апреле 1993 г. очередной демарш в пользу Японии был дополнен приглашением прибалтийских республик к участию в маневрах США и НАТО в Балтийском море. Кроме того, американцы требовали ускорить и завершить вывод российских войск из стран Балтии с явной перспективой скорейшего принятия их в НАТО. В августе 1993 г. Вашингтон, например, выразил свое недовольство продажей российской подводной лодки Ирану. США неоднократно возражали также против поставок Индии, Ирану, Ливии и другим странам российских ракетных двигателей, горючего и технологии, обвиняя Москву в нарушении режима их нераспространения.
В 1995 г. фактически перестала действовать комиссия «Гор-Черно-мырдин». Причиной стало обвинение B.C. Черномырдина в коррупции.
В 1996 г. в США прошли президентские выборы. «Вторая администрация» Б. Клинтона продолжает активные контакты с Россией.
На встрече президентов России и США 21 марта 1997 г. в Хельсинки было принято совместное заявление о параметрах будущих сокращений ядерных вооружений, согласно которому стороны обязались приступить к переговорам по соглашению СНВ-3 после вступления в силу Договора СНВ-2.
В июне 1997 г. по настоянию Вашингтона, Россия была впервые допущена к участию во встрече «большой семерки» в Денвере (США). Этот «дипломатический жест доброй воли» был важен как знак признания международного статуса России и российского руководителя, стремления Запада иметь с РФ «партнерские отношения».
В 1997 г. довольно радикальные изменения претерпела военная доктрина США. Теперь США оставляет за собой право нанесения ядерных ударов как по военным объектам, так и по ядерным арсеналам целого ряда стран, в том числе РФ и Китая.
Соответствующая военная доктрина была принята в НАТО, что не сорвало, однако, контактов и договоренностей о сотрудничестве России с этой организацией. В сентябре 1997 г. министры иностранных дел России и стран НАТО провели первую сессию Совместного постоянного совета. Выступая на этой сессии, тогдашний помощник президента Клинтона по вопросам национальной безопасности Э. Лейк разделил все государства мира на враждебные, тоталитарные или авторитарные, по его выражению, диктатуры и демократические, либеральные, во главе с США, таким образом, возвращаясь к старой биполярной системе мира периода холодной войны.
В дополнение к официальной военной доктрине США, относящейся к межгосударственным отношениям, в Вашингтоне разработали так называемую «доктрину Клинтона». Это дополнение предусматривало превентивную военную политику, направленную против угрозы распространения и применения такого оружия массового уничтожения, как химическое или бактериологическое, и источников этой угрозы — «террористических» государств (вроде Ирака, Ливии) или организаций.
Серьезные противоречия между Россией и США возникли в результате ракетно-воздушных ударов американцев по Ираку, планировавшихся еще с января 1998 г. Россия, как и многие другие страны, резко осудила военные акции США против Ирака, предпринятые в одностороннем порядке без санкции Совета Безопасности ООН. Аналогичная ситуация сложилась и вокруг Косово и Сербии, которая также оказалась под ударами американских бомб и ракет.
Другими проблемами во взаимоотношении двух стран стали «расширение НАТО на Восток», отношение Соединенных Штатов к «чеченскому вопросу».
В 2001 г. в США поменялась администрация — на выборах победил республиканский кандидат — Джордж Буш. В своей предвыборной кампании Дж. Буш неоднократно подчеркивал стремление США выйти из договора по ПРО.
Первая встреча В.В. Путина и Дж. Буша прошла в Люблянах 16 июня 2001 г. Никаких соглашений на этой встрече достигнуто не было, стороны лишь выясняли позиции друг друга.
В июле состоялась новая встреча президентов — на этот раз на саммите «восьмерки» Генуе. В ходе встречи В.В.Путин выразил готовность вести переговоры с США о НПРО. Итогом переговоров стало совместное заявление. Оно посвящено развитию экономических отношений между Россией и США. Президенты поддержали учреждение нового института двустороннего сотрудничества, который получил название «Российско-американского делового диалога». Как подчеркивается в совместном заявлении, лидеры двух стран намерены содействовать развитию экономических реформ, улучшению инвестиционного климата, а также скорейшей интеграции России во Всемирную торговую организацию.