Федеральное государственное унитарное предприятие «Росморпорт» создано в 2003 году. Учредителями ФГУП «Росморпорт» выступили Министерство транспорта Российской Федерации и Министерство имущественных отношений Российской Федерации.
Первоначальный уставный фонд предприятия составлял 703 075 рублей 20 коп.
ФГУП «Росморпорт» создано для эксплуатации, содержания, создания и развития закрепленного за предприятием федерального имущества, в том числе имущественного комплекса, обеспечивающего безопасность мореплавания, выполнения работ в морских торговых и специализированных портах, обеспечения мер по реализации федеральных целевых программ развития морского транспорта.
Указом Президента Российской Федерации от 04.08.2004 г. № 1009 предприятие включено в перечень стратегических предприятий, осуществляющих производство продукции (работ, услуг), имеющих стратегическое значение для обеспечения обороноспособности и безопасности государства.
В результате проведенной административной реформы системы федеральных органов исполнительной власти в 2004 году было образовано Федеральное агентство морского и речного транспорта (Росморречфлот), в ведение которого было передано ФГУП «Росморпорт» (распоряжение Правительства Российской Федерации от 31.12.2004 г. № 1748-р).
В декабре 2006 года распоряжением Росморречфлота от 22.12.2006 г. № АД-201 уставный фонд ФГУП «Росморпорт» был увеличен до 5 500 703 075 рублей 20 коп.
На сегодняшний день ФГУП «Росморпорт» представляет собой унитарное предприятие, основанное на праве хозяйственного ведения, состоящее из центрального аппарата и 21 филиала, расположенных на территории 16 субъектов Российской Федерации, в котором трудятся более 5 тысяч работников.
Вместе с тем, в силу своей специфики деятельность порта требует непрерывного и оперативного регулирования со стороны компетентного органа государственного органа, чьи распоряжения и решения обязательны для всех хозяйствующих субъектов, действующих в порту.
АМП и входящие в их состав капитаны портов выполняют основные функции по организации транспортного процесса и координации деятельности всех хозяйствующих субъектов в порту.
Еще одним этапом реформирования морских портов стало реорганизация морских рыбных портов. В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 16.12. 2006 № 773 осуществлено присоединение государственных администраций морских рыбных портов к администрациям морских портов и передача соответствующего федерального имущества.
Выполнение АМП одновременно надзорных и правоприменительных функций в порту требовало дальнейшей реорганизации этих учреждений. Вместе с тем, введенный в действие в 1999 году КТМ не давал ответа на целый ряд вопросов. По мнению разработчиков КТМ все неясные моменты должны были быть урегулированы в законе о морских портах, как это прямо предусмотрено ст. 9 КТМ РФ. Однако закон о морских портах был принят только в 2007 году.