Предпринятая в 1965 г. хозяйственная реформа дала некоторые положительные результаты. Удавалось сдерживать рост цен. Однако темпы преобразований по-прежнему были низкими. Сторонники А.Новотного, с 1954 г. занимавшего пост руководителя КПЧ и президента республики, опасались, ослабиления позиции партии в государстве. Острая дискуссия по этим вопросам вылилась в политический конфликт, в котором последователи преобразований в экономике столкнулись с А.Новотным и его окружением. Важную роль в политическом развитии Чехословакии после 1956 г. сыграл словацкий вопрос, острота которого возрастала по мере роста национального самосознания словаков и некоторой либерализации режима.
Важным рубежом в развитии кризиса можно считать IV съезд писателей в июне 1967 г., вылившийся в открытую критику существующего режима. Вслед за этим последовали конфискация издания "Литерарни новины" и преследования самых смелых из критиков. В обстановке отчетливого кризиса политической системы первоочередной становилась задача активного поиска выхода из него. Авторитет и влияние КПЧ к этому времени заметно упали, чего не могли не видеть ее руководители. В партийных рядах шло напряженное осмысление всего сделанного после 1948 г. На пленуме ЦК КПЧ в октябре 1967 г. А.Дубчек впервые неожиданно для А.Новотного выступил с обвинениями в его адрес. Дубчека поддержал ряд членов ЦК, критиковавших сосредоточение функций руководителя партии и президента республики в одних руках. Новотный избрал тактику проволочек и попытался заручиться поддержкой Москвы. На декабрьском пленуме ЦК КПЧ 1967 г. критика А.Новотного усилилась. ЦК практически раскололся на два лагеря. Впервые было выдвинуто предложение отстранить Новотного с занимаемого поста в партии.
«Пражская весна»
Январский пленум 1968 г. стал важным шагом в разрешении кризиса в партии. Новым ее руководителем был избран А.Дубчек. А.Новотный, сохранивший за собой пост президента. Дубчек и представители реформаторского крыла полагали, что сутью перемен должна стать ликвидация деформаций социализма и демократизация не только партийной, но и общественной жизни. После январского пленума у реформаторов появилась возможность перейти в организованное наступление против консерваторов в партии с помощью давления как “сверху”, так и “снизу”, используя доступные средства массовой информации. В начале марта 1968 г. практически была отменена цензура и на общество обрушился поток критики и разоблачений недавнего социалистического прошлого. Появился целый ряд новых общественных организаций: Клуб активных беспартийных (КАН), К-231 - организация жертв политических процессов. Документ - “Манифест 2 000 слов”- он появился 27 июня 1968 г. и отражал неудовлетворенность общества недостаточным отпором консервативным силам со стороны реформаторов. К лету 1968 г. о руководящей роли КПЧ в стране трудно было уже говорить. Общественность выступала за демократизацию Национального фронта,за свободную конкуренцию всех политических сил. Развернувшиеся в ЧССР политические преобразования вызвали настороженность партнеров по советскому блоку. Был проведен ряд совещаний партийных и государственных руководителей государств Варшавского договора в Праге, Дрездене, Софии, Москве, Варшаве, где ставился вопрос об отказе от избранного чехословацкими лидерами курса.
В ночь с 20 на 21 августа 1968 г. войска СССР, Болгарии, Венгрии, Польши и ГДР приступили к оккупации Чехословакии, положившей начало свертыванию процесса демократизации. Они не встретили вооруженного сопротивления и довольно быстро заняли всю страну. Рано утром 21 августа первый секретарь ЦК КПЧ А.Дубчек, председатель правительства О.Черник, председатель Национального собрания А.Смрковский, председатель Национального фронта Ф.Кригель, секретарь горкома КПЧ в Праге Б.Шимон и секретарь брненского обкома КПЧ Й.Шпачек подверглись аресту, а затем были увезены в СССР. С 23 по 26 августа 1968 г. в Москве проходили переговоры с насильно депортированными в СССР чехословацкими руководителями. В их ходе чехословацкой стороне был навязан протокол, в котором было зафиксировано стремление сторон к нормализации обстановки в ЧССР путем сворачивания начатых политических и экономических реформ. После этого чешские и словацкие лидеры вернулись в страну и приступили к исполнению своих обязанностей. Решение о федеративном устройстве ЧССР было принято 28 августа 1968 г. Оно вступило в силу 1 января 1969 г. Чехословацкая Социалистическая Республика вплоть до начала 90-х годов состояла из Чешской и Словацкой социалистических республик.