Зуби не диферененційовані. У змій з'являються отруйні зуби, що мають борозни або канали для відтоку отрути з отруйної залози. Язик і його мускулатура розвинені добре. З ротової порожнини їжа потрапляє в стравохід, потім до шлунка й у відносно довгий кишечник, який відкривається в клоаку. Печінка та підшлункова залоза розвинені добре.
У дуже поширених на суші плазунів, на відміну від земноводних, спостерігається велика диференціація травного тракту, що дозволяє повніше використовувати здобич. Шлунок плазунів має товсті м'язові стінки і чітко відособлений, так само як і відділи кишечника. На межі тонкої і товстої кишок розташована слаборозвинена сліпа кишка, відсутня у земноводних. Велика печінкаплазунів має жовчний міхур. Підшлункова залоза у вигляді довгого щільного тіла лежить в петлі дванадцятипалої кишки.
Більшість плазунів — хижаки або комахоїдні. Деякі ящірки (агами й ігуани) всеїдні; наземні черепахи харчуються переважно рослинами.
Видільна система
Повний розрив з водним середовищем приводить до того, що осмотичний тиск в тілі плазунів стає незалежним від навколишнього середовища. Ороговіння шкіри, яке робить її непроникною для води, знімає загрозу зміни осмотичного тиску навіть тоді, коли плазуни вторинно переходять до водного способу життя. Оскільки вода поступає в тіло плазунів тільки разом з їжею, то осморегулююча функція нирок майже повністю відпадає. У плазунів немає потреби, як у земноводних, виводити постійно виникаючий надлишок води з організму. Навпаки, у них, як у сухопутних тварин, з'являється необхідність економно витрачати воду, що знаходиться в організмі. Тулубові нирки (мезонефрос) земноводних замінюються у плазунів тазовими (метанефрос). Тазові нирки не мають зв'язку з вольфовим каналом, і у них розвиваються власні сечоводи, що впадають в клоаку. При цьому вольфів канал у самок редукується, а у самців виконує функцію сім'япроводів. Особливості будови тазових нирок плазунів полягають в тому, що загальна фільтраційна площа клубочків у них зменшується, а протяжність канальців збільшується. Чим менші клубочки, тим менш інтенсивно йде фільтрація води з організму. У канальцях же, що мають значну довжину, велика частина води, відфільтрованої клубочками, всмоктується назад. Отже, виділення продуктів життєдіяльності у плазунів відбувається з витратою мінімуму води, що входить до складу організму.
Дихальна система
Комірчасті легені мають велику поверхню. Ротоглотковий механізм нагнітання повітря зберігаються тільки у черепах. У решти видів вентиляція легенів здійснюється роботою грудної клітки. Повітря надходить у легені по трахеї, що розгалужується на два бронхи.
Органи дихання плазунів відрізняються від таких у земноводних більшим диференціюванням. Вони занурені глибше всередину тіла і з'єднуються з навколишнім середовищем за допомогою добре розвинених дихальних шляхів. Від гортані відходить довга дихальна трубка, або трахея, підтримувана численними хрящовими кільцями. Ззаду трахея розділяється на дві трубки (бронхи), ведучі кожна у відповідну легеню.
Кровоносна система
2 кола кровообігу, більш повно розділені, ніж у земноводних. Серце трикамерне (2 передсердя і 1 шлуночок), з неповною перегородкою у шлуночку (у крокодилів — чотирикамерне). У праве передсердя надходить венозна кров від усіх органів, у ліве — артеріальна кров із легеневих вен. Від правої частини шлуночка з венозною кров'ю відходить легенева артерія, від середньої — ліва дуга аорти зі змішаною кров'ю, від лівої — права дуга аорти з артеріальною кров'ю(від цієї дуги відходять сонна та підключична артерії, які несуть збагачену киснем кров до голови та передніх кінцівок відповідно). На спинному боці тіла дуги аорти зливаються в непарну спинну аорту, тому решта органів одержує змішану кров. Таким чином, у плазунів ще не відбувається повного розділення артеріальної та венозної крові.
Видільна система
У плазунів з'являється вторинна (тазова) нирка, яка має досконаліший порівняно із земноводними механізм реабсорбації води і розчинених у ній речовин. З нирок сеча по сечоводахнадходить у сечовий міхур і клоаку, де також відбувається всмоктування води. Важливе пристосування для утримання рідини в організмі — утворення як продукту виділення сечової кислоти, виведення якої вимагає значно меншої витрати води, ніж сечовини у земноводних. Органи виділення — метанефричні нирки, у більшості плазунів є сечовий міхур.