Передротовим отвором відкривається вхід в дихально-травну систему ланцетника. Він веде в передротову порожнину, в глибині якої знаходиться рот, оточений замикаючим його перетинковим клапаном — вітрилом. Ротовий отвір веде далі в об'ємисту глотку, стінки якої прободені численними (понад 100) зябровими щілинами, що йдуть не одразу назовні, а в особливу навкологлоткову порожнину (атріальну). Уздовж дна і уздовж верхньої стінки глотки проходять жолобки, вкриті вистилаючими війковими клітинами, (ендостиль і надзяберний жолобок), що з'єднуються навкологлотковим війковим кільцем в передній частині глотки. Цей пристрій дуже схожий з подібним у покривників (асцидій).
За характером живлення ланцетник є фільтратором — харчується мікроскопічними організмами, втягуючи їх через ротовий отвір із струмом води, що проганяється рухом вій через зяброві отвори в навколозяброву порожнину і звідти назовні через атріальний отвір. Ротові щупальця утворюють ґрати, що перешкоджають попаданню в порожнину глотки дуже крупних частинок. Дрібні харчові частинки, що проходять через цей заслін, осідають на покритих слизом віях жолобків, огортаються слизом, переміщуються в надзябровий жолобок і потрапляють до заднього кінця глотки і в кишківник. У кишківнику їжа перетравлюється, а поживні речовини всмоктуються.
Їжу ланцетника складають переважно діатомові водорості, а також десмідієві, дрібні корененіжки, інфузорії, радіолярії, яйця і личинки покривників, голкошкірих, рачків тощо.
Виділення
Рідина з крові просочується в порожнину тіла, а звідси збирається у нефридії, далі по них у навколозяброву пору продукти виділення виводяться назовні. Посегментно розташовані численні статеві залози (гонади) і залози виділень.
Нервова система
Передній трубкоподібний кінець центральної нервової системи не доходить до кінця хорди. Головний мозок не диференційований, і навколо нього немає ніякого зародка черепної коробки. Центральна нервова система — це нервова трубка, розташована над хордою, її передній кінець повністю не доходить до кінця хорди (звідси походить і назва класу головохордові). За зовнішніми ознаками нервова трубка не розділена на головний і спинний мозок, однак за внутрішньою будовою і функціями такий поділ є. Передня частина нервової трубки впливає на всю рефлекторну діяльність тварини. Руйнування передньої частини трубки призводить до порушення координації рухів: вузька порожнина трубки — невроцель — утворює тут невелике розширення, яке вважають зачатком (або залишком) мозкового шлуночка. У личинок ця порожнина через невропор (отвір) з'єднана з ямкою Келікера, розташованою на поверхні тіла (орган нюху); пізніше невропор заростає. На дні розширення невроцеля є лійка, сформована з війчастих і секреторних клітин. Ймовірно, це рецептор руху або зачаток гіпофізарної системи. На початку трубки є пігментна пляма — непарне вічко, яке вважають залишком органа рівноваги. Від початку нервової трубки відходять дві пари головних нервів, завдяки яким відбувається іннервація передньої частини тіла.
Від нервової трубки в кожному сегменті тіла відходять по дві пари нервів: (правий і лівий спинні й черевні). Також у кожному сегменті є нервові клітини, які утворюють рефлекторні дуги, і нейрони, які зв'язують правий і лівий боки тіла тварини. Характерними є Роон-Боардівські клітини, які дендритами пов'язані з чутливими нервами від шкіри, а аксонами зрозміщеною вище Роон-Боардівською клітиною; вони забезпечують проходження імпульсів до переднього мозку. У 6―11-му і 39―61-му сегментах нервової трубки ланцетника є велетенські нервові клітини Овсяннікова-Роде, завдяки яким існує міжсегментний ланцюговий зв'язок від голови до хвоста (зверху нервової трубки) і в зворотному напрямі (знизу нервової трубки).
Наявність рудиментів у головному відділі центральної нервової системи свідчить, що в предків головохордових вона була складнішою.
Органи чуття головохордових прості. Механічні (тактильні) подразнення сприймають нервові закінчення в поверхневому шарі шкіри. Там же розміщені інкапсульовані нервові клітини, які сприймають хімічні подразнення: вони вистеляють ямку Келлікера. У нервовій трубці в ділянці невроцеля розміщені очка Гессе, кожне з яких — це чутлива клітина, до якої прилягає вигнута пігментна клітина. Очка Гессе вловлюють сонячне проміння, яке проникає через шкіру тваринки. Вони працюють як фотореле, реєструють рівень занурення тіла у ґрунт.
Багато нервових клітин здатні виділяти речовини (нейросекрети), що беруть участь у передаванні нервового імпульсу. (Царик Й. В., Лєснік В. В., Яворський І. П., Горбань І. М., Сребродольська Є. Б.)
Органи чуттів
Дуже слабо розвинені органи чуття: є тільки нюхова ямка на передньому кінці тіла (орган нюху), непарна світлочутлива пігментна пляма на передній стінці нервової трубки і ряд невеликих пігментних плям уздовж нервової трубки, в її нижній частині (замість очей), що відчувають дотикові клітини в шкірі і ротових щупальцях.
Розмноження
Запліднення і розвиток зародка у воді (зовнішнє). Розвиток непрямий: яйце — рухлива личинка, яка вільно плаває 3 місяці, а згодом сідає на дно і перетворюється на дорослу тварину. Ланцетники розмножуються один раз протягом життя. Розмножуються ланцетники навесні, влітку або восени, на Чорному морі — з кінця травня до початку серпня. Одразу після заходу сонця самиці викидають зрілі дрібні ікринки діаметром 0,1 мм. Розвиток заплідненої ікри і личинок відбувається в товщі води. Личинки завдовжки 3,6-5,2 мм піднімаються вночі до поверхні, а вдень опускаються в придонні шари води. Період личинкового життя триває зазвичай близько трьох місяців. До кінця першого року життя ланцетник (східно-азіатський вид) досягає в довжину 30 мм, на другому році — 40 мм, на третьому — 60 мм і на четвертому — 70 мм. Статевозрілості він досягає на другому або третьому році. Живуть ланцетники від одного до чотирьох років.