В середине XVI в. завершился переход от дворцово-вотчинной к приказной системе управления. Постепенно сложилась разветвленная система приказов.В период становления приказной системы ведущая роль принадлежала военно-административным приказам. В это время произошла реорганизация армии. Основу ее составляли дворянская конница и стрельцы, появившиеся в результате реформы, проведенной Иваном IV. Для управления стрельцами был создан специальный приказ.
Формированию новой организации Русского государства сопротивлялись крупные бояре-землевладельцы, которые привыкли являться в походы со своими полками и занимали места в сражениях по своему выбору. Царское законодательство распространило принцип обязательной военной службы на все разряды феодалов. Всем помещикам и вотчинникам предписывалось являться в поход с оружием и со своими людьми. К лицам, обязанным нести службу, относились "служилые люди по отечеству" (князья, бояре, дворяне, дети боярские) и "служилые люди по прибору" (стрельцы, городовые казаки, пушкари и др.) Личным составом боярской и дворянской конницы ведал Разрядный приказ, который фиксировал все случаи назначения на службу, перемещения в должностях. Назначения на должности осуществлялись в соответствии с принципом местничества - по родовитости, знатности.
Поместными земельными владениями служилых дворян ведал Поместный приказ, который следил за тем, чтобы дворяне обеспечивались поместными землями за военную службу в соответствии с установленными нормами. Возник также Казачий приказ, который ведал казачьими войсками.Появились в это время специальные территориальные приказы, ведавшие делами тех территорий, которые были присоединены к России или осваивались. Дворяне и дети боярские при Иване IV получили определенные привилегии - могли обращаться к суду самого царя. В связи с этим образовался специальный Челобитный приказ.
В период сословно-представительной монархии зарождается центральный полицейский орган. Вначале действовала комиссия Боярской думы по разбойным делам, затем создается Разбойный приказ. Он разрабатывал для местных органов наказы по вопросам борьбы с общеуголовными преступлениями, назначал на местах соответствующих должностных лиц.
Обслуживанием личных потребностей царя и его семьи ведали специальные дворцовые приказы. К ним относились: приказ Большого дворца (управлял дворцовыми землями), Конюшенный (ведал царской конюшней), Ловчий и Сокольничий приказы (охотничьи), Постельничий (ведал царской спальней) и др.
Во второй половине XVI в. создается специальное центральное учреждение, ведавшее делами о холопах. Главная обязанность Холопьего приказа заключалась в регистрации кабальных записей в особых книгах. Кроме того, он рассматривал иски по делам о беглых холопах, для которых существенное значение имела регистрация холопьих грамот в приказе.
В конце XVII в. создается система судебных приказов, которые выполняли функции высших судебных органов. В дальнейшем эти приказы слились в единый Судный приказ.
В деятельности Российского государства большое значение имел Посольский приказ, который ведал многообразными внешнеполитическими вопросами. Царь считал, что все основные вопросы внешней политики должны решаться лично им. Помогать в этом были призваны начальник Посольского приказа и небольшое число приказных. Основные обязанности Посольского приказа состояли в том, чтобы вести переговоры с представителями иностранных государств. Эту функцию непосредственно выполнял сам начальник приказа. Кроме того, он решал пограничные конфликты, занимался обменом пленных и пр. Появление Посольского приказа оказало влияние на снижение роли Боярской думы в решении вопросов внешней политики. Царь теперь редко с ней советовался.
В середине XVI в. вместо наместников-кормленщиков были введены губные органы. Они выбирались из среды определенных слоев населения. Дворяне и дети боярские выбирали главу губного органа - губного старосту, которого утверждал в должности Разбойный приказ.Аппарат губного старосты состоял из целовальников, избиравшихся посадскими и верхушкой черно-тяглого крестьянства. Целовальники - выборные должностные лица, которые назывались так потому, что они целовали крест с присягой верно служить на этой должности.
Наряду с губными создавались земские органы самоуправления.Первым шагом в этом направлении было принятие при Иване IV Мало-Пинежской земской уставной грамоты, в которой предусматривалась замена суда кормленщиков судом выборных старост.К ведению земских органов относились прежде всего сбор податей и суд по гражданским и мелким уголовным делам. Более крупные дела рассматривались губными органами. Земские старосты и другие должностные лица свои обязанности по рассмотрению гражданских и уголовных дел выполняли без взимания пошлин с населения. Крестьянская война под предводительством Болотникова и годы иностранной интервенции убедили царя в том, что на губные и земские органы нельзя полностью полагаться. Поэтому дополнительно к ним были учреждены воеводы, которые назначались Разрядным приказом из числа бояр и дворян, утверждались царем и Боярской думой. В отличие от кормленщиков, воеводы получали государево жалованье и не могли обирать местное население.Одна из главных задач воевод состояла в обеспечении финансового контроля. Важной государственной функцией воевод был набор на военную службу служилых людей из дворян и детей боярских. Воевода составлял на них списки, вел учет, проводил военные смотры, проверял готовность к службе. По требованиям Разрядного приказа воевода направлял военнослужащих на места службы. При воеводе имелась специальная приказная изба, которую возглавлял дьяк. В ней велись все дела по управлению городом и уездом. В процессе деятельности воевод им все в большей степени подчинялись губные и земские органы, особенно по военным и полицейским вопросам.