Огромное народнохозяйственное значение черноземных почв, их высокая производительность, громадная площадь распространения, своеобразная природная обстановка, в которой они залегают и развиваются, издавна привлекали к себе внимание многочисленных исследователей, изучавших черноземные почвы с различных практических и теоретических точек зрения. Ряд имен крупнейших русских ученых тесно связан с изучением черноземов.
Значительную роль в познании генезиса черноземов сыграл русский ботаник академик Ф. Рупрехт. Разобрав и отвергнув доказательства, представленные защитниками морской и болотной гипотез, он развил и обосновал теорию растительно-наземного происхождения черноземных почв. Вопрос о происхождении чернозема был таким образом поставлен Ф. Рупрехтом на чисто ботаническую почву. «Чернозем представляет вопрос ботанический»,— писал этот ученый в самом начале своего классического труда о черноземе. По мнению Ф. Рупрехта, северная «дерновая почва составляет настоящий эквивалент чернозема как по наружным признакам, так и по химическому составу... Образование перегноя в дерновой почве очевидно: травянистые части растений умирают, истлевают на воздухе, отчасти обращаются в перегной, с дождем или с тающим снегом просачиваются в почву. Тоже самое бывает при образовании чернозема». Окончательным же выводом из научных исследований Рупрехта явилось положение, что чернозем образовался из степной травянистой растительности и как растительно-наземная почва представляет собой полный аналог северным дерновым почвам.Необходимо здесь же отметить, что хотя растительно-наземное происхождение чернозема и было установлено работами Ф. Рупрехта, тем не менее вопрос о черноземе не был решен во всей его полноте и сложности и долгое время оставался открытым. Эта проблема была блестяще решена основоположником научного почвоведения профессором В. В. Докучаевым.
В. В. Докучаев первый произвел обстоятельное и систематическое, по единому плану, обследование всей области черноземных почв, дал подробное описание отдельных природных районов ее, изучил морфологию, химические и физические свойства различных черноземов. Все это дало ему возможность установить понятие «черноземные почвы», а также критически осветить существующие материалы о черноземных почвах и в том числе главные вопросы — о происхождении этих почв и их высоком плодородии.
После опубликования «Русского чернозема» прекратилось создание новых теорий «происхождения чернозема» и установилась общепринятая, незыблемая русская точка зрения, что черноземы есть растительно-наземные почвы, образовавшиеся под покровом травянистой лугово-степной растительности и что они могут возникать и развиваться не только на лёссовых отложениях, но и на любой другой почвообразующей породе.
Значительный вклад в изучение черноземных почв внес профессор П. А. Костычев.
В настоящее время окончательно утвердилась единая точка зрения, что черноземы являются почвами, развитыми под многолетней растительностью травяных степей в зонах лесостепи и степи в условиях непромывного водного режима или же периодически промывного на севере черноземной зоны в отдельные, очень влажные годы. Черноземы отличаются темно окрашенным перегнойным горизонтом значительной мощности, высоким содержанием гумуса и прочной зернисто-комковатой структурой.
Свыше десятка лет собирал В. Р. Вильямс необходимое ему количество сухого остатка для проведения химических анализов и последующего выделения перегнойных кислот. Эта работа, выполненная В. Р. Вильямсом, по своей грандиозности и оригинальности считается в почвенной литературе единственной.
В. Р. Вильямс пришёл к выводу, что перегнойные вещества почвы, перегнойные кислоты - продукт синтеза, совершающегося в процессе жизнедеятельности микроорганизмов почвы. Это был очень существенный и важный вывод, так как роль биологических процессов в почвообразовании в то время, как правило, недооценивалась. В. Р. Вильямс объединил рассмотрение физико-химических и химических процессов, протекающих в материнской породе, с биохимическими и биологическими явлениями, проявляющимися в породе при воздействии на неё растительных формаций.
Это позволило перевести почвоведение из группы геологических наук в систему биологических. В. Р. Вильямс доказал, что развитие почвы начинается там, где поселяется растительность, где проявляют своё многообразное воздействие и взаимодействие растительные формации.
Василий Робертович Вильямс также показал, что конечные продукты выветривания породы, к каковым следует отнести глину, каолин, сохраняющиеся в породе без изменения при современных термодинамических условиях (температура и давление), подвергаются резкому разрушению под воздействием лесной растительности, лесной подстилки и продуктов жизнедеятельности грибного процесса - креновой кислоты.