Первым русским царем новой династии стада Михаил Федорович Романов (1613—1645). К моменту начала правления ему исполнилось 16 лет. Вступая на престол, Михаил произнес торжественную клятву, в которой обещал не править без Земского собора и Боярской думы. Филарет, провозглашенный в 1619 г. патриархом, получил также титул «великого государя» и стал соправителем своего сына. Вплоть до своей смерти в 1633 г. Филарет являлся фактическим правителем России. После смерти Михаила царем стал его сын Алексей Михайлович (1645—1676).
Обещание Михаила Федоровича править в согласии с Земским собором и Боярской думой не было случайным: в условиях хозяйственного разорения и слабости центральной власти царь вынужден был искать опору. Такой опорой стал Земский собор. На протяжении всего царствования Михаила Федоровича особенностью Земских соборов был значительный рост представительства низших сословий. Причем избранные на Собор депутаты получали от своих избирателей «наказы» и должны были отстаивать их перед царем. Однако по мере укрепления царской власти и стабилизации обстановки в стране Земские соборы стали собираться все реже. После смерти Филарета некоторые дворяне предложили преобразовать Земский собор в постоянно действующий парламент. Однако эти идеи не отвечали интересам самодержавной власти. Соборы стали созываться лишь для утверждения уже подготовленных царем проектов, а не для обсуждения путей развития страны. Последний Земский собор, на котором были широко представлены различные слои российского общества, был созван в 1653 г. Он принял в российское подданство население Левобережной Украины и Киева. В дальнейшем главной опорой самодержавной власти стали бюрократия и армия.
Постепенно утрачивала свою прежнюю роль Боярская дума. Состав Думы был расширен Михаилом Федоровичем — так он отблагодарил тех, кто поддержал его воцарение. В Думу входила теперь не только родовая аристократия, но и представители незнатных родов. Дума по-прежнему была призвана решать наиболее важные вопросы — войны и мира, утверждения законопроектов, введения новых налогов, решения спорных вопросов и т. д. Руководил ее работой царь либо назначенный им боярин. Увеличение численного состава Думы сделало ее слишком громоздкой и вынудило царя создать более гибкий орган управления, состоявший из наиболее доверенных лиц — «ближнюю» Думу, которая постепенно заменила собой «большую». В полном составе Боярскую думу стали созывать все реже. «Ближняя» дума сосредоточила в своих руках решение многих вопросов государственного управления.
Рост территории страны, усложнение экономических задач привели к значительному увеличению числа приказов. Вопросами внешней политики ведал Посольский приказ. Дворцовым хозяйством и имуществом царя занимался приказ Большого дворца. Казенный приказ отвечал за сохранность драгоценностей и вещей царской семьи. Конюшенный приказ распоряжался многочисленными царскими конюшнями и снаряжением для царских выездов. Разрядный приказ распределял дворян и бояр на царскую службу. Земельными пожалованиями и сбором налогов с поместий и вотчин ведал Поместный приказ. Ямской приказ отвечал за быструю и надежную почтовую связь. С ростом масштабов каменного строительства в столице и крупных городах возник Приказ каменных дел. Челобитный приказ рассматривал прошения и жалобы царских подданных. При Алексее Михайловиче существовал также Приказ тайных дел, который контролировал деятельность всех государственных учреждений и ведал хозяйством царской семьи.
Однако численный рост приказов негативно отражался на системе управления в целом, запутывал обязанности служащих, усиливал бюрократическую волокиту и злоупотребления служебным положением. Порой приказы занимались решением одних и тех же или близких по характеру задач. Так, судебные вопросы решали Разбойный и Земский приказы. Военными делами ведали Разрядный, Стрелецкий, Пушкарский, Иноземский, Рейтарский, Казачий приказы. Все это свидетельствовало о необходимости реформирования приказной системы, ее упрощения.
В 17 веке главной административной единицей оставался уезд. К концу века их насчитывалось более 250. С самого начала века во главе уездов и ряда приграничных городов царь назначал воевод. Они не только возглавляли местные военные отряды, но и обладали высшей административной и судебной властью: отвечали за сбор налогов, выполнение населением повинностей, вершили суд.
Для преодоления последствий Смуты необходимо было принять множество новых законов. Их проекты готовились по поручению царя приближенными к нему лицами и обретали силу после согласия Боярской думы и царя. Появление в первой половине века новых законов, применявшихся наряду с законами более раннего времени, потребовали их упорядочения, сведения в единый документ — свод законов. Составление такого свода было поручено приближенным царя Алексея Михайловича во главе с князем Н. И. Одоевским. При составлении Соборного уложения (принятого Земским собором в 1649 г.) использовались не только российские законы, но и зарубежные. В разработке свода законов участвовал и сам молодой царь Алексей.
Уложение отразило возросшую роль царя в жизни страны. Впервые в закон было введено понятие «государственное преступление» (против чести и здоровья царя и его семьи, представителей государственной власти и церкви), за которое предусматривалось суровое наказание. Уложение утвердило полное право землевладельца на землю и зависимых (крепостных) крестьян. Был установлен бессрочный розыск беглых крестьян и большой штраф за укрывательство беглецов.
Таким образом, в течение 17 века нарастали тенденции усиления самодержавной власти царя, опиравшегося теперь не на сословное представительство, а на бюрократический аппарат и армию; произошло окончательное утверждение крепостничества; значительно возросли права и привилегии дворянства — социальной опоры царского самодержавия.