Захватив территорию Беларуси, гитлеровцы установили здесь оккупационный режим, так называемый «новый порядок». По плану «Ост» предполагалось оставить в Беларуси только 25% населения для использования в качестве рабочей силы. Остальные 75% подлежали уничтожению или высылке. Было установлено новое административное деление Беларуси. Восточная часть была отнесена к «области армейского тыла». Власть здесь осуществлялась военными и полицейскими органами, подчиненными штабу группы армий «Центр». Южная часть Беларуси по линии 20 км севернее железной дороги Брест-Гомель была отнесена к рейхскомиссариату Украины. Северо-восточную часть немцы включили в состав Пруссии и генерального округа «Литва». Оставшаяся 1/3 территории Беларуси - Барановичская, Вилейская, Минская (без восточных районов), северные районы Брестской, Пинской и Полесской областей - вошла в состав генерального округа Беларусь, который был включен в рейсхкомиссариат «Остланд» с резиденцией в г. Риге и разделен на 10 округов. Во главе этих округов стояли немецкие чиновники (гебитскомиссары). Вспомогательную роль играли местные учреждения - управы, во главе которых стояли назначенные гитлеровцами бургомистры, старосты, войты.
Так называемый «новый порядок» поддерживался вооруженными формированиями СС (охранные отряды), СА (штурмовые отряды), полицией безопасности и службой безопасности СД, гестапо, тайной полевой полицией, контрразведывательными органами «Абвера», жандармерией и др. Были созданы специальные оперативные группы (айнзацгруппы) для борьбы с партизанами и подпольщиками.
На территории Беларуси действовало 260 лагерей смерти, их филиалов и отделений. Только в Тростенецком лагере смерти было уничтожено 206500 человек. Во всех городах были организованны гетто для евреев. Одним из наиболее крупных было Минское гетто, в котором было уничтожено около 100 тыс. евреев. За период оккупации оккупанты провели в Беларуси более 140 крупных карательных операций против партизан и мирных жителей. Во время 28 таких операций только в 1942-1943 гг. карателями было убито 70 тыс. человек. Карателями было уничтожено свыше 5295 населенных пунктов, в том числе 628 сожгли вместе с жителями. В период войны в Беларуси погибло 2 млн. 200 тыс. человек, 380 тыс. жителей было вывезено в Германию.
Чтобы поставить на службу рейху экономику Беларуси, оккупанты организовали работу промышленных предприятий. Они провели регистрацию трудоспособного населения. Рабочий день продолжался 12 часов. Заработная плата была мизерной. Даже за незначительное непослушание рабочего могли отправить в концлагерь. Весной 1942 г. на территории генерального округа Беларуси была проведена земельная реформа. Все колхозы были распущены, а их земли перешли в семейное пользование крестьян в рамках так называемых земельных кооперативов. На территории восточной части Беларуси колхозы еще долго сохранялись.
Немецкую администрацию в Беларуси с 17 июля 1943 г. по 22 сентября 1943 г. возглавлял генеральный комиссар (гауляйтер) В. Кубе. После того, как Е. Мазаник и М. Осипова привели приговор партизан в исполнение, генеральный комиссариат возглавил генерал полиции К. Готберг. В. Кубе стремился привлечь к сотрудничеству местных жителей в рамках вспомогательных органов управления и полиции. 22 октября 1941 г. была создана Белорусская народная самопомощь (БНС), возглавляемая доктором И. Ермаченко. Она взяла на себя функции по обеспечению нуждающегося населения, имела право организовывать приюты, медицинские учреждения, проводить культурные мероприятия, издавать книги, журналы на белорусском языке. 29 июня 1942 г. было провозглашено о создании Белорусского корпуса самообороны (БКС). С июня 1942 г. по апрель 1943 г. было создано 20 батальонов. Они были слабо вооружены, не рвались в бой, легко поддавались пропаганде партизан. Весной 1943 г. отряды БКС были расформированы.
22 июня 1943 г. был создан Союз белорусской молодежи (СБМ). Высшим органом СБМ был Центральный штаб во главе с М. Ганько и Н. Абрамовой. Задачей этой организации было воспитание молодежи в духе гитлерюгенда, подготовка ее к работе на военных заводах Германии и службе в военно-вспомогательных частях Вермахта. Члены организации носили специальную форму. СБМ насчитывал в 1944 г. 12635 человек. Около 5 тыс. из них были направлены на работу и учебу в Германию.
В декабре 1943 г. была создана Белорусская центральная рада (БЦР). Президентом БЦР был назначен Р. Островский. Рада стала совещательным органом. Ей формально оккупационные власти передали социальное обеспечение, культуру и образование. 23 февраля Готберг издал приказ о создании Белорусской краёвой обороны (БКО) и поручил БЦР провести мобилизацию мужского населения 1908-1924 гг. рождения. На конец апреля 1944 г. было сформировано 45 батальонов, которые насчитывали около 30 тыс. человек. Главной задачей БКО была борьба вместе с полицией против партизан. Однако созданные батальоны не оправдали надежд немцев. После освобождения Беларуси часть формирований БКО оказались в Германии. По разным источникам, коллаборационистское движение в Беларуси насчитывало 80-100 тыс. человек, значительная часть из них была вовлечена в разные формирования немцев принудительно.
С первых дней оккупации Беларуси на ее территории развернулась всенародная борьба против немецко-фашистских захватчиков. Уже в июне 1941 г. начал действовать Пинский партизанский отряд под командованием В. Коржа. На территории Октябрьского района Полесской области действовал отряд под командованием Бумажкова и Павловского, которым в августе 1941 г. было присвоено звание Героев Советского Союза. В Суражском районе Витебской области действовал отряд М. Шмырева. Партизанские отряды в 1941 г. возникали на основе истребительных батальонов, из числа попавших в окружение красноармейцев, партийных и советских активистов. В июле-сентябре 1941 г. на территории Беларуси было сформировано 430 партизанских отрядов и групп, в которых насчитывалось 8300 человек.
Осенью и зимой 1941 г. партизанское движение испытывало трудности. Не хватало продовольствия, оружия, боеприпасов, медикаментов, опыта ведения боев, не было должной координации и взаимодействия партизанских отрядов и групп. Население Беларуси в первые месяцы оккупации было в растерянности. С первых дней оккупанты начали массовый террор. Многие партизанские отряды и группы распались. Часть партизан вышла в советский тыл, а часть -разошлась по домам. Зимой 1941 г. насчитывалось всего около 3 тыс. партизан.
Важную роль в укреплении партизанского движения сыграли подпольные организации. Осенью и зимой 1941 г. в республике активно действовали Минская, Оршанская, Осиповичская, Брестская, Могилевская и др. подпольные антифашистские организации. В годы Великой Отечественной войны в подполье Беларуси насчитывалось около 70 тыс. человек. Уже в июне 1941 г. в Минске были созданы первые подпольные организации, которые затем объединил Минский подпольный горком КП(б)Б. Его возглавил И. Ковалев. Подпольщики выпускали газеты, листовки антифашистского содержания, проводили диверсионные акты. Например, только диверсия на Минском железнодорожном узле в декабре 1941 г. снизила его пропускную способность в 20 раз. В Оршанском железнодорожном депо действовала группа подпольщиков во главе с К. Заслоновым. Подпольщики также оказывали материально-техническую помощь партизанам, обеспечивали их информацией, направляли к ним людей. Подпольщики г. Минска только в ноябре 1941 - феврале 1942 гг. направили в партизанские отряды свыше 450 человек.
Большое влияние на расширение партизанского движения оказала победа Красной Армии под Москвой. В результате наступления советские войска приблизились к территории Беларуси. На стыке немецких групп армий «Север» и «Центр» была образована брешь («Витебские ворота») , которая использовалась для помощи белорусским партизанам, переброски отрядов и диверсионных групп в тыл противника.
В мае 1942 г. был создан Центральный штаб партизанского движения, а в сентябре 1942 г. его отдел - Белорусский штаб партизанского движения , который возглавил второй секретарь ЦК КП(б)Б П.З. Калинин. Это дало возможность координировать действия партизанских отрядов и армии, обеспечивать их оружием, типографским оборудованием, снаряжением и т.д. С 15 сентября 1942 г. по 1 января 1943 г. белорусским партизанам авиация перебросила 3762 автомата, 2106 карабинов, 444 пулемета, 294 миномета и др. Из-за линии фронта в Беларусь направлялись специально подготовленные группы. В течение 1943 г. из советского тыла прибыло 13 партизанских отрядов и 111 организаторских и диверсионных групп.
В 1943 г. продолжалась концентрация партизанского движения. Из разрозненных отрядов создавались бригады, которые входили в партизанские соединения. Наиболее значительными были Барановичское, Белостокское, Вилейское, Полесское соединения. Всего на территории Беларуси действовало около 40 соединений. Партизанские формирования совершали рейды, освобождали целые районы и создавали партизанские зоны. Существовало более 20 партизанских зон, которые занимали более половины территории Беларуси.
Летом 1943 г. ЦШПД разработал операцию под кодовым названием «Рельсовая война». Она началась 3 августа и продолжалась до 15 сентября и была приурочена к наступлению советских войск на белгородско-харьковском направлении. В Беларуси железнодорожное движение было парализовано на 15-30 суток. Оккупанты понесли огромные потери в паровозах, вагонах, рельсах, шпалах, живой силе. С 25 сентября по 1 ноября проводилась вторая операция «Рельсовая война» под кодовым названием «Концерт». В ходе операции партизаны подрывали железнодорожное полотно, пуская под откос эшелоны с живой силой и техникой врага. Ими взорваны тысячи эшелонов, 72 железнодорожных моста, истреблено более 30 тыс. солдат и офицеров противника. С 20 июня 1944 г. до полного освобождения Беларуси продолжался 3-й этап операции «Рельсовая война». В ней участвовали все партизаны Беларуси.
Большую роль в организации и деятельности партизанского и подпольного движения сыграли партийные и комсомольские организации Беларуси. Действовало 203 обкома, межрайкома, горкома и райкома КП(б)Б, более 1200 первичных партийных организаций, 224 областных, межрайонных, городских и районных комитетов комсомола и свыше 5500 первичных партийных организаций. В партизанских отрядах и подполье находилось 135 тыс. коммунистов и комсомольцев.
На территории Западной Беларуси партизанское движение было менее активным. Существенным препятствием развитию здесь партизанского движения была деятельность Армии Краёвой (АК), созданной польским эмиграционным правительство в Лондоне. Основной задачей АК было возрождение независимого польского государства в границах 1939 г. В Западных областях Беларуси действовали от 12 до 14 тыс. солдат и офицеров АК. Наиболее крупным формированием АК являлся Новогрудский округ, который насчитывал 7 тысяч человек. Кроме того, существовали Полесский, Виленский и Волынский округа АК. В начале большинство рядовых солдат и офицеров АК воевали с фашистами. Только в Новогрудском округе с 1942 по 1944 гг. отряды АК провели 102 боя против гитлеровцев. В 1942 - первой половине 1943 гг. формирования АК и партизан провели немало совместных операций против оккупантов. В июле - августе 1943 г. белорусские и польские партизаны оказали мощное сопротивление 60-тысячной группировке фашистских войск, которые блокировали Налибокскую пущу.
Разрыв дипломатических отношений советского руководства с польским эмиграционным правительством в апреле 1943 г. привел к конфронтации между АК и партизанами. За осенне-летний период 1943-1944 гг. отряды Новогрудского округа АК провели 81 операцию против белорусских партизан. Аковцы проводили акции и против той части белорусского населения, которая не поддерживала идею восстановления Польши в довоенных границах. Только в Лидском округе в феврале-апреле 1944 г. аковцами было убито около 1200 человек. Жертвами польского националистического подполья в Беларуси в годы Второй мировой войны стали 10 тыс. граждан БССР. С некоторыми подразделениями аковцев гитлеровцы сотрудничали. После освобождения Западных областей Беларуси часть отрядов АК передислоцировалась на территорию Польши, часть вступила в Войско польское, некоторые продолжали борьбу в составе немецких формирований.
В годы Великой Отечественной войны в Беларуси сражались с врагами 370 тыс. партизан и около 70 тыс. подпольщиков. Наряду с белорусами в партизанской борьбе участвовали представители 70 национальностей и народностей Советского Союза. В рядах партизан находилось около 4 тысяч зарубежных антифашистов, в том числе 3 тысячи поляков, 400 словаков и чехов, 235 югославов, около 100 немцев. За доблесть и мужество более 140 тысяч партизан и подпольщиков награждены орденами и медалями, 88 из них присвоено звание Героя Советского Союза.