После смещения Хрущёва Косыгин занял должность Председателя Совета Министров, на которой проработал 16 лет. В 1965 году он выступил с рядом инициатив, получивших название «косыгинских реформ». Первая задача была выполнена успешно – взамен совнархозов снова вернули министерства. Успешно начали проводиться в жизнь и главные идеи «косыгинских реформ» в области планирования народного хозяйства. Смысл этих реформ, заключался в том, чтобы «сменить военно-штабную систему с её главным лозунгом «План любой ценой».
Косыгин стремился вдохнуть новую жизнь в плановую социалистическую экономику комплексом взаимосвязанных между собой мероприятий. В основу планирования были заложены объёмы только реализованной продукции, количество плановых показателей, спускаемых сверху и регламентировавших до мелочи каждый шаг предприятия, было снижено с 30 до 9 показателей, из отчислений от прибыли на предприятиях создавались фонды развития производства и материального поощрения, заводы и фабрики получили право сами реализовать сверхплановую продукцию, устанавливать штатное расписание и сметы. В сельском хозяйстве закупочные цены на продукцию повышались в 1,5 – 2 раза, вводилась льготная оплата сверхпланового урожая, снижались цены на запчасти и технику, уменьшились ставки подоходного налога с крестьян. Косыгин подписал в августе 1974 года постановление Совмина, по которому крестьяне, наконец – то стали равноправными гражданами страны – на них распространили паспортную систему.
в самом начале реформ Косыгин сталкивался с противодействием некоторых членов Политбюро его начинаниям. По воспоминаниям Байбакова, когда на одном из заседаний Политбюро обсуждалась концепция реформы, председатель Президиума Верховного Совета СССР Подгорный "со свойственной ему грубоватостью и недоверчивостью произнес: "На кой черт нам реформа? Мы плохо развиваемся, что ли?", - на что Косыгин возразил: "Реформа необходима, темпы развития экономики стали снижаться. Все валовые методы исчерпаны, поэтому надо развязать инициативу, поднять в коллективах интерес к результатам труда". "Но Подгорный, - вспоминает далее Байбаков, - напыщенно и напористо отстаивал свое, споря не только с Косыгиным, но и с недостаточно уверенным в необходимости реформы Брежневым, не говоря уже об остальных: "Если проводить реформу, то нужно к ней тщательно готовиться. Рано проводить", - настаивал Подгорный". Многие современники свидетельствуют о том, что "косыгинские" реформы были свернуты во многом из-за того, что Брежнев ревниво относился к Косыгину и постепенно лишал его все больше и больше реальных рычагов управления экономикой. Бывший первый секретарь Московского горкома КПСС Николай Егорычев вспоминал, что в 1966 году Брежнев как-то сказал ему: "Ну, скажи, зачем это Косыгин поехал по украинским заводам? Что ему там делать? Все о своем авторитете печется. Пусть бы лучше в Москве сидел да делами занимался". Однако есть свидетельства и о том, что отношения Брежнева и Косыгина стали портиться не в середине 60-х, а с 1975 года. Так, в частности, считает бывший заместитель Косыгина по Совмину Владимир Новиков. "В течение десяти лет, - пишет он. - отношения между ними, смею утверждать, были хорошими. Я не раз бывал на даче Брежнева вдвоем с Устиновым. Устинов был не очень доброжелателен к Косыгину. Брежнев же, наоборот, в то время при мне ни разу не отозвался о нем плохо. И хотя Брежнев очень хорошо относился к Устинову, но, когда тот в домашней обстановке начинал отпускатьскакие-либо колкости в адрес Алексея Николаевича, Леонид Ильич не поддерживал беседу в этом направлении. Роковую роль, на мой взгляд, в ухудшении отношений между Брежневым и Косыгиным сыграл Н.А. Тихонов. С 1974 г. Брежнев начал болеть, уже через год недуг стал резко прогрессировать. У него явно развилась подозрительность, и Тихонов умело направлял ее против Косыгина, стремился вбить клин между ними. Это ему удалось, и с 1975 г. Их взаимоотношения начали ухудшаться. Тихонов без конца докладывал Брежневу о тех или иных, большей частью надуманных ошибках Алексея Николаевича. В оппозицию Косыгину он стремился втянуть и остальных его заместителей. Например, мне он говорил: "Знаешь, ведь мы в Совмине - простые пешки, даже не имеем права подписать незначительное распоряжение. Вся власть у председателя и его заместителя Дымшица, который располагает материальными ресурсами". Реформы Косыгина буксовали не только из-за интриг в верхних эшелонах власти. Им активно сопротивлялись многие министерства. Вот один из ярких примеров на эту тему, описанный референтом Косыгина Карпенко. Речь идет о так называемом бунте сорока министров. "Суть дела заключалась в том, - пишет Карпенко, - что реформа резко увеличила цену срыва договорных обязательств. Предприятие, скажем, из-за недопоставки чепуховой, копеечной детали могло задержать выпуск дорогостоящей продукции, сорвать задание по ее реализации, а значит, потерять значительную сумму отчислений в поощрительные фонды. По новым условиям в таких случаях можно было через Госарбитраж взыскать с недобросовестного партнера не только штраф за недопоставленную продукцию, но и потребовать возмещения всех потерь и убытков, которые понесло предприятие. Госарбитраж получил право решать такие споры, даже если они возникли у коллектива с собственным министерством. Однако охотников обращаться в Госарбитраж с подобными жалобами находилось очень мало - получалось себе дороже. Ведь с поставщиком, не говоря уж о собственном министерстве, работать, предстояло многие годы, и портить с ним отношения было просто опасно. Чтобы поднять дисциплину взаимных поставок, Косыгин пошел на такую меру: было принято постановление, по которому выполнение плана засчитывалось лишь после удовлетворения всех заказов потребителей. Против этого и восстали дружно Госплан и наиболее сильные министерства и авторитетные министры, утверждавшие, что в таком случае все их предприятия останутся не только без премий, но и без зарплаты. В итоге победа осталась за министрами. И хотя распоряжение Косыгина официально отменено не было, оно практически никогда так и не вступило в действие".
Главная причина несостоятельности курса Косыгина заключалась в том, что он не смог изменить прежний порядок хозяйственных связей на основе введения хозрасчета и самоокупаемости, ибо централизованные планирующие органы сохранили за собой право определять хозяйственное развитие отраслей и отдельных предприятий. В обществе складывалось убеждение, что серьезные экономические изменения вообще не возможны в условиях социализма. В конечном итоге реформа Косыгина способствовала лишь разрастанию управленческого аппарата министерств и ведомств, которые подменяли собой нормальный рыночный механизм, пытаясь присвоить себе те функции, которые при капиталистической системе осуществлялись непосредственно предприятиями. Бюрократия занялась не поддержанием баланса между спросом и предложением, а распределением "по карточкам" ресурсов и средств, включая текущее производство. Создавалась видимость активной деятельности, не имевшей никакого отношения к организации слаженной работы предприятий. Сосредоточив в своих руках распределение дефицита той или иной продукции, бюрократии приобрела огромную силу. Поскольку всего и везде не хватало, а определение товаров через рынок отсутствовало, чиновники получали возможность использовать фонды и ресурсы по своему усмотрению, что способствовало развитию коррупции и теневой экономики.