Після приєднання України до Московської держави Запорізька Січ стала грати роль опозиційного центру. Сюди сходилися ті, хто був незадоволений політикою гетьманів. Проте на Запоріжжі не було стійкої орієнтації, його політичні орієнтири весь час змінюються. Договір з Москвою не всіх задовольнив, навпаки, він викликав протест тієї частини козацтва, що ставилася вороже до політики Москви і розуміла небезпеку цього союзу для України. Тому напрямки пошуку нових союзників коливаються від зв'язків з Кримом та Туреччиною до союзу з Швецією. Маючи свою незалежну політику, Січ активно впливала й на формування та функціювання державного устрою всієї України.
За Андрусовським перемир'ям між Москвою та Польщею Запоріжжя формально підпорядковувалося двом державам — Росії і Речі Посполитій. Насправді ж запоріжці не визнавали цього протекторату. Ситуація не змінилася і після підписання "вічного миру" Москви з Польщею у 1686 році, коли Польща відмовилась від своїх прав на Запоріжжя. Москва вимушена була визнати право Запорізької Січі на самоврядування та на прийняття втікачів.
Під протекторатом Московської держави (який носив чисто економічний характер) Запорізька Січ проводила незалежну політику. Характерним було те, що в Запоріжжі збереглися давні традиції суспільно-політичного ладу. Найвищим органом влади та управління залишалася Військова рада, право в збираннях якої мали всі козаки. Головним виконавчим органом був Кіш на чолі з кошовим отаманом. До складу кошової старшини входили писар, суддя, осавул, обозний і хорунжий.
Перехід Мазепи і кошового отамана Гордієнка на бік Карла XII царський уряд використав як привід для ліквідації Запорізької Січі. 14 травня 1709 року російські війська зайняли Січ, зруйнували січові укріплення, вивезли артилерію та військовий скарб. Частина запоріжців відійшла на південь і заснувала Січ на р. Кам'янка (на території нинішньої Херсонської області).
У 1711 році з дозволу кримського хана частина запоріжців заснувала Олешківську Січ (нині м. Цюрупінск). В результаті січове козацтво стало відірваним від українського народу. Невдовзі Петро І дозволив козакам повернутися на місця їхнього колишнього проживання. У 1744 році запоріжцям було дозволено заснувати Нову Січ на р. Підпільній (поблизу нинішнього с. Покровське Нікопольського району).
Нова Січ стала центром Запорізького війська, місцем перебування військової старшини. Функція контролю над Запоріжжям покладалася царським урядом на київського генерал-губернатора. У 1753 році вийшов царський указ про заборону виборів кошового отамана та старшин на Січі. Царський уряд переходить до рішучих дій щодо обмеження тут самоврядування. Автономне існування запорізького козацтва в соціально-економічному та політичному плані дедалі більше ставало явищем несумісним з російським абсолютизмом.
Після завершення російсько-турецької війни 1769—1774 років Запоріжжя втратило своє значення як стратегічний форпост проти татарської та кримської агресії.
У травні 1775 року російські війська на чолі з угорським генералом Текелі вдерлися на Січ. З серпня 1775 року Катерина II підписала маніфест про ліквідацію Запорізької Січі. Заборонялася навіть назва "запорізький козак". Територія Січі була приєднана до Новоросійської губернії. Закінчився третій, один із найбільш славних етапів розвитку українського козацтва.
По-різному складалася доля запорізького козацтва після 1775 року. Значну його частину царський уряд відніс до розряду військових поселенців. Близько 5 тис. запоріжців відійшли в межі турецьких володінь за Дунай і створили там Задунайську Січ (на місці теперішнього м. Вилково (Одеської області).
Пізніше турецький уряд переселив козаків на правий берег Дунаю.
Царський уряд відчув втрату запорізького війська, коли готувався до чергової війни з Туреччиною. Тому у 1784 році він утворив із запоріжців, які залишилися на території Російської імперії, Бузьке козацьке військо. В ньому була запроваджена запорізька номенклатура посад, поділ на курені тощо. Однак курені як військово-адміністративні одиниці існували недовго.
За царювання Олександра І у куренях залишили тільки місцеве (сільське) самоуправління, підпорядковане вищій військовій адміністрації. В роки російсько-турецької війни 1787—1791 років Чорноморське козацьке військо налічувало більше 15 тис. козаків. У 1792 році, після закінчення війни і закріплення Росії на Чорному морі, Чорноморське козацьке військо було переселене на так звану Чорноморську прикордонну смугу, що проходила правим берегом Кубані.
У 90-х роках XVIII ст. на Кубані проживало 25 тис. козаків українського походження. Незабаром сюди переселилася частина козаків Задунайської Січі. На Кубань інтенсивно потягнулися переселенці з Чернігівської, Полтавської, Харківської губерній. Було засновано 40 курінних селищ з військово-адміністративним центром у м. Катеринодарі (нині Краснодар). Отже, маємо всі підстави говорити про українську колонізацію цих земель.
В роки російсько-турецької війни 1828—1829 років козаки Задунайської Січі перейшли на бік російської армії, за що турецький уряд жорстоко розправився з Задунайською Січчю: її було знищено. Закінчився четвертий етап існування українського козацтва.
Залишки задунайців царський уряд поселив на Азовському узбережжі, сформувавши з них Азовське козацьке військо. Українське козацтво вступило в п'ятий історичний етап свого існування.