Після блискучих перемог на Жовтих Водах і під Корсунем Хмельницький у грудні 1648 р. звільнив Київ. Тут він має раду з представниками православного духовенства, де було прийнято рішення про необхідність звернення до Москви за військовою та дипломатичною допомогою. До царя відрядили полковника Мужиловського.
Цар не надав Україні ні військової, ні дипломатичної допомоги. Хоча Москва мала велике бажання розірвати договір з Польщею і взяти реванш за свої поразки, вона не наважилася зробити це з огляду на своє складне внутрішнє і зовнішнє становище, тому й зайняла очікувальну позицію. Але контактів з Богданом Хмельницьким Москва не припиняла. За період з 1649 по 1654 р. в Україні перебувало 13 посольств із Москви.
В квітні 1653 р. цар наважився послати до Варшави посольство. Перед королем була поставлена вимога повернути козакам їхні права і привілеї згідно із Зборівським договором і скасувати Берестейську церковну унію 1596 р. Польський уряд на це відповів рішучою відмовою.
1 жовтня 1653 р. цар скликав Земський собор, на якому були присутні представники всіх станів, окрім селянства. Учасники собору, опитані "по чинам, порознь", висловилися за рішення: "Гетьмана Богдана Хмельницького й все Войско Запорожское с городами й землями принять".
9 жовтня 1653 р. для виконання рішення Земського собору в Україну відбуває надзвичайна дипломатична місія на чолі з В. Бутурліним.
23 жовтня 1653 р. цар Олексій Михайлович в Успенському соборі Кремля велів "об’явить войску идти войной на недруга земли русской веры православной – короля Речи Посполитой и Литвы — Яна-Казимира".
Для проведення з Україною офіційних церемоній і переговорів, присяги, вручення царської грамоти було обрано Переяслав.
8 січня 1654 р. на загальновійськовій Генеральній раді з промовою виступив Богдан Хмельницький. Змалювавши вкрай тяжкий стан, в якому опинилася Україна після шестирічної виснажливої війни, він сказав, що єдиний порятунок - це піддатися під захист сильної держави з тим, щоб одержати від неї військову допомогу — Туреччини, Кримського ханства чи християнського православного царя. Учасники Переяславської ради — старшини усіх рангів, козаки і міщани висловились: "Волим під царя московського православного".
Того ж дня у соборній Церкві зібралося московське і українське духовенство для проведення служби на честь урочистого обряду присяги. Присягали на Євангелії гетьман, генеральні старшини, полковники, сотники і ще кілька десятків делегатів від різних полків.
Треба підкреслити, що не всі прийняли ідею Переяславської ради. Не було в Переяславі представників Запорізької Січі. Відмовився від присяги Іван Богун, якого вважали після Богдана Хмельницького військовим стратегом номер один.
У Переяславі українська сторона не отримала жодного офіційного документу, який би визначав умови "об'єднання двох держав, жодної письмової гарантії виконання царським урядом усних запевнень московських послів".
Відразу після Переяславської ради у гетьманській канцелярії відпрацьовують проект відповідного договору, а в березні 1654 р. українське посольство прибуває до Москви. 14 березня посли подали письмовий текст проекту договору з 23-х статей, що фіксували умови, на яких уряд Української держави передбачав об'єднання з Московською державою.
У першій статті йшлося про підтвердження "прав і вольностей" Війська Запорізького, а фактично прав і вольностей всієї України, оскільки формула "гетьман з Військом Запорізьким" репрезентувала в офіційних юридичних і дипломатичних документах Українську Гетьманську державу, що склалася в роки Визвольної війни. У статті говорилося про непорушність прав і вольностей козацького стану в управлінні, суді і в приватних правових відносинах. Друга стаття обумовлювала кількість козацького війська — збройних сил України — 60 тисяч, третя — передбачала підтвердження "прав та вольностей" української шляхти, четверта — щоб доходи на царя збирали урядники з місцевих людей, у п'ятій — йшлося про надання староства Чигиринського під гетьманську булаву, шоста стаття закріпляла право Війська Запорізького обирати гетьмана, сьома — декларувала недоторканість козацьких земель і маєтків та їх спадкування козацькими вдовами та дітьми, статті восьма—дванадцята були присвячені виплаті грошей на утримання гетьманської адміністрації і козацької армати.
У статті тринадцятій була сформульована ідея про непорушність прав, наданих князями та королями духовним та мирським людям. Стаття чотирнадцята затверджувала право зносин гетьмана і Війська Запорізького з іншими державами. Статті п'ятнадцята-шістнадцята стосувалися виплати цареві данини та способам збирання податків для цього. У статті сімнадцятій мова була про те, що права населення України гарантують царські хартії. Стаття вісімнадцята зазначала, що посли мають порушити питання про київського митрополита відповідно до усного наказу гетьмана. У статті дев'ятнадцятій викладалися пропозиції про термінову відправку царського війська під Смоленськ, щоб попередити об'єднання поляків з іншими ворожими силами.
Стаття двадцята ставила питання про утримання військової залоги на кордонах України. У статті двадцять першій встановлювалися розміри платні рядовим козакам, полковникам і сотникам. Стаття двадцять друга говорила про спільні дії проти нападів татар, а стаття двадцять третя – про утримання фортеці Кодак та її залоги для охорони південного кордону України.
Як бачимо, український проект договору, за винятком п'яти останніх статей, що стосувалися важливих поточних проблем, мав конституційний характер.
Український історик і юрист Андрій Яковлів підкреслював, що українським проектом договору "гарантувалася повнота внутрішньої автономії держави й усувалося будь-яке втручання влади московського царя у внутрішні справи України".
Після обговорення проекту договору десять статей — 1, 2, 3, 5, 6, 7, 9,11,13,17 — затверджувалися беззастережно. Ст. 4, 8, 12, 15, 16 — з деякими застереженнями, що іноді суттєво змінювали їх не на користь української сторони. Щодо ст. 18, 19, 22, то позитивне їхнє рішення було висловлене в іншій формі. У ст. 14 царським указом були внесені обмеження. Ст. 10, 12, 23 містили резолюцію "допросить", тобто з'ясувати, і пояснювали, що саме, а відносно ст. 21 бояри і цар вирішили взагалі "отговаривать".
21 березня українські посли подали нову редакцію проекту договору, що містив уже 11 статей, які було ратифіковано, що й підтвердив цар жалуваною грамотою від 27 березня 1654 р. Таким чином, були підтверджені права і вольності Війська Запорізького, встановлено кількісний склад збройних сил України, підтверджено право Війська Запорізького обирати гетьмана, спадкувати козацькі маєтки і права козаків їх вдовами і дітьми.
Договір між Україною і Московською державою сформувався не за звичною для наших часів моделлю міждержавних договорів, тобто не як єдиний акт за підписом обох сторін. Умови договору містяться в двох різних за формою актах: в так званих "Березневих статтях" від 21 березня і царської "Жалуваної грамоти гетьманові і Війську Запорізькому" від 27 березня, які складають одну цілість. Акти, якими обмінювалися сторони, були за своєю суттю договором, тобто угодою двох держав.
Укладаючи договір з Москвою, Україна як незалежна держава ставила свої умови, що їх прийняла друга сторона — держава Московська. Царська жалувана грамота від 27 березня 1654 р. називає гетьмана і Військо Запорізьке "підданими московського царя", але при цьому зазначає: Україні "быть под нашою, царского величества, рукою, по своим прежним правам и привилеям и по всем статьям, которые писали више сего", що, власне, на нашу думку, передбачало не "підданство", а протекцію царя над Україною.
Для Богдана Хмельницького договір 1654 р. був звичайною угодою про військову допомогу в боротьбі проти Польщі. Крім того, Україна намагалась цим договором юридично закріпити свої права і вольності і не допустити їх порушень і обмежень царизмом в майбутньому.
Самостійність України визнавалась і на міжнародній арені. Навіть Польща у своїх дипломатичних стосунках трактувала Україну як самостійну державу. Україна мала дипломатичні зносини із Швецією, Прусією, Австрією, Молдавією, Угорщиною, Венецією. Чужоземні правителі трактували Україну як окрему від Москви державу, а гетьмана як самостійного государя. Договір не стояв на перешкоді їхніх дипломатичних зносин з Україною на найвищому державному рівні. Спочатку і Москва ставилась до України як до вільної держави. Зносини Московської держави з Україною здійснювалися через Посольський приказ, що фактично був міністерством закордонних справ. Україну відокремлювали від Москви державний кордон і митниці. Але Московська держава за своєю природою була унітарною, абсолютистською, кріпосницькою державою, для якої Українська держава з її республіканським ладом і сильними демократичними елементами була своєрідним викликом. Отже, рано чи пізно царизм мав почати наступ на автономію України.
Спочатку Москва виконувала договірні умови. Об'єднані московські й українські сили весною 1654 року виступили проти Польщі на білоруському театрі воєнних дій. Але вже й тоді царський уряд мав за мету не захист України, а повернення земель, які Московська держава втратила за Поляновським миром. Спільні козацько-московські сили відвоювали Білорусію і більшу частину Литви. Та вже восени 1654 року поляки, об'єднавшись з татарами, перетворили Брацлавщину на руїну.
Богдан Хмельницький починає шукати нових союзників, відпрацьовує різні політичні комбінації. Найбільше значення для нього мали стосунки з Швецією, яка довгий час вела війну з Польщею. Швеція намагалися схилити Україну на розрив з Москвою, переконувала в тому, що самодержавний царський уряд "не потерпить у себе вільного народу". Однак Хмельницький тоді ще мав намір зробити Україну нейтральною державою під протекторатом і Москви, і Швеції.
Москва, порушуючи умови договору у сфері міжнародних відносин, у 1656 році уклала зрадницьку щодо України сепаратну Віленську угоду з Польщею. Стало відомо, що на переговорах за спиною України ставились питання про повернення її під владу Польщі. У відповідь Хмельницький організовує коаліцію Швеції, Семигороду, Молдавії, Волощини, Бранденбургу і Литви, спрямовану проти Польщі, Кримського ханства і, певною мірою, проти Москви. Хмельницький мав на меті відвоювати у Польщі загарбані нею західноукраїнські землі. Водночас він прагнув домогтися незалежності України від агресивної політики Москви.
Військові дії, які розпочалися у січні 1657 року, принесли тріумф Українській державі. Сили коаліції розбили під Замостям коронного гетьмана Потоцького, оволоділи Краковом, зайняли Замостя і, нарешті, Варшаву. Шляхта Турово-Пінської землі – і православна, і католицька звернулася до гетьмана з заявою, в якій вказувала, що вона з цілим повітом, добровільно приєднується "на вічні часи" до Української держави. З таким же проханням звернулася до українського гетьмана шляхта Волині.
Влітку 1657 року ситуація змінюється. І не на користь коаліції. Політичні і військові успіхи Хмельницького і його союзників викликали занепокоєння у сусідніх держав. В результаті об'єднані сили Польщі, Данії і Австрії визволили польську територію. В цей же час стався заколот у козацьких колах. Вісті про це дуже засмутили Богдана Хмельницького. Від нервового перенапруження стався серцевий напад, і гетьмана розбив параліч. Український народ втратив вождя, під проводом якого він визволився від іноземного панування і створив незалежну самостійну державу.
У серпні 1657 року в Чигирині старшинська рада обрала гетьманом генерального писаря Івана Виговського, досвідченого, розумного політика.
Гетьман Виговський, генеральна старшина та більшість полковників приймають рішення про розрив з Москвою та зближення з Польщею.
У вересні 1658 року було укладено Гадяцьку угоду про унію України з Польщею. В цій угоді передбачалося утворення нового державного федеративного союзу Польщі, Великого князівства Литовського та Великого князівства Руського (України). Україна отримувала право мати своїх урядовців, власну державну казну, монету, судовий трибунал з діловодством українською мовою, армію — 30 тис. козаків і 10 тис. найманого війська. Угодою передбачалося утворення двох академій, ряду колегій, гімназій, різних шкіл, вводилося вільне книгодрукування. Найвища законодавча влада мала належати Раді — своєрідним українським зборам. Берестейська церковна унія скасовувалася в усіх трьох державах, усім релігіям забезпечувалася повна толерантність.
Москва зреагувала на цю угоду в характерній манері. Весною 1659 року стотисячна армія рушила в Україну. В червні під Конотопом відбулася генеральна битва, в якій московська армія була вщент розбита. Але Виговський не зміг скористатися цією перемогою. За його спиною визрівала змова. Більшість українського народу не прийняла Гадяцької угоди, незважаючи на її певні переваги з державної, політичної і юридичної точок зору. Населення ще не забуло польсько-шляхетського гніту, з-під якого воно тільки-но визволилось. Будь-яке спілкування з Польщею в народі розцінювалось як зрада інтересів України.
Старшинська рада, яка зібралася в Білій Церкві, обирає гетьманом Юрія Хмельницького і відкидає союз з Польщею.
На той час царська армія зайняла все Лівобережжя. На раді в Переяславі в 1659 році під тиском Москви були прийняті Переяславські статті, в яких передбачався контроль царя над козацьким військом, обмежувалась влада гетьмана. Функції і права старшинської адміністрації підпорядковувались царським воєводам.
Царський уряд посилає московське і українське козацьке військо на Правобережну Україну. Поляки в цих умовах запропонували козацькій старшині переговори, на що та відразу ж погодилась. Було укладено Слободищенський трактат, основою якого стала Гадяцька угода.
Всі ці події відбувалися на тлі жорстокої міжусобної боротьби за гетьманство. В 1663 році гетьманом Лівобережної України було обрано Брюховецького — вірного прислужника Москви. На Правобережжі в 1663 році замість Юрія Хмельницького, який постригся в ченці, гетьманом обирається Павло Тетеря.
Україна фактично розпалась на дві половини. Відповідно вона мала і двох гетьманів, які ворогували між собою. В історії України починалась так звана "Руїна".
У 1665 році гетьманом Правобережжя було обрано Петра Дорошенка, який прагнув об'єднати обидві частини України, відновити самостійну Українську державу, домогтися її незалежності від Москви і Польщі. За союзника Дорошенко обирає Туреччину.
13 січня 1667 року в селі Андрусові, поблизу Смоленська, було укладено перемир'я між Московською державою і Польщею. Лівобережна Україна залишилася за Москвою, Правобережжя за Польщею, крім Києва, який на два роки мав відійти до Москви. Запорізька Січ потрапляла під владу обох держав.
Внаслідок угоди двох країн стався поділ української території на дві частини. Царський уряд зламав договір 1654 року, за яким він зобов'язувався зберігати “права і вольності” України.
Андрусівське перемир'я привело до посилення протурецьких настроїв у середовищі козацької старшини. В 1669 році при активній участі гетьмана Дорошенка було оформлено протекторат Туреччини над Правобережжям. Таким шляхом Дорошенко намагався вивести Україну з-під влади Польщі й Москви. Але турецький султан на свій лад використав ситуацію. У 1672 році трьохсоттисячне турецьке військо вторглося на Правобережну Україну нібито для її захисту. Безчинства, грабунки, що їх чинили турецькі та татарські союзники Дорошенка, відвернули від нього народ. Гетьманом обирають Самойловича. Під час його правління Українська православна Церква в 1685 році була підпорядкована московському патріархату.
25 липня 1687 року гетьманом Лівобережжя України було обрано Івана Мазепу, одного з найвидатніших державних діячів України. На старшинській раді були затверджені так звані Коломацькі статті, які вже традиційно приймалися при обранні нового гетьмана. Статті забороняли Україні торгувати з Кримом, порушували її фінансову систему. Ст. 19 без усяких застережень проголошувала Україну частиною Московської держави.
За царювання Петра І Україна зробила останню спробу відновити державну самостійність. Ця спроба пов'язана з іменем Івана Мазепи, який за двадцятирічне гетьманування доклав багато зусиль, щоб вивести Україну з "руїни", припинити тут політичне безладдя.
Як палкий патріот України, Мазепа, удаючи лояльне ставлення до царя, плекав надію на визволення України і створення самостійної Української держави. Петро І в той час мав намір замінити козацтво рекрутчиною, а Україну перетворити у невід'ємну частину Росії. Скориставшись шведсько-російською війною, Мазепа при підтримці генеральної старшини і більшості полковників уклав із шведським королем угоду, за якою "Україна з обох сторін Дніпра з Військом Запорізьким і народом малоросійським має бути вічними часами вільна від усякого чужого володіння". Угода гарантувала також абсолютне невтручання будь-якої держави у внутрішні справи України, недоторканість її кордонів.
Розгром шведських військ під Полтавою в 1709 році перекреслив намагання Івана Мазепи звільнити Україну. З частиною вірних козаків він змушений був рятувати себе і своїх прибічників за Дунаєм, в турецьких володіннях, де невдовзі і помер.
У 1710 році на старшинській раді в Бендерах гетьманом у вигнанні було обрано Пилипа Орлика, який багато зробив для затвердження ідеї незалежної, самостійної України. Зокрема, за його участю у 1710 році була підготовлена та прийнята Конституція Української держави.
Ще у 1708 році, після переходу Мазепи на бік Карла XII, гетьманом Лівобережжя було обрано Івана Скоропадського. Після його смерті, у 1722 році Петро І взагалі заборонив вибори нового гетьмана. Гетьманство було відновлено після смерті Петра І у 1727 році. Царський уряд пішов на цей крок, щоб мати підтримку з боку козацької старшини у зв'язку із загостренням російсько-турецьких відносин.
Обраний гетьманом Данило Апостол був видатним державним та військовим діячем. 22 серпня 1728 року Данило Апостол звернувся до царського уряду з проханням затвердити "гетьманські статті". У відповідь на це він отримує "Решительные статьи", в яких зовсім не згадується про договір України з Москвою 1654 року. Ці статті мали форму наказу царського уряду гетьманові. В цілому статейні пункти Данила Апостола були витримані в дусі ствердження автономії української державності. Росія відповідала на них цілою системою обмежень і ударом саме по цій державності.
Після смерті Данила Апостола гетьманство ліквідується. Для управління справами України було створено II Малоросійську Колегію, яка дістала назву "Правління гетьманського уряду".
Гетьманство знову, і уже в останній раз, відновлюється при Єлизаветі Петрівні, яка в 1747 році видала царську грамоту про обрання гетьмана. Ним в 1750 році було обрано нікому невідомого 22-річного сільського хлопця Кирила Розумовського.
За Розумовського в Україні було проведено ряд реформ: соціальна, військова, судова тощо. У 1762 році на російський престол вступила Катерина II. Вона послідовно проводила принцип централізації управління і поспішила скасувати автономію окремих народів, що входили до складу Російської імперії. Першим мало бути, на її думку, скасоване гетьманство. Наприкінці 1763 року Катерина II викликала Розумовського до Петербургу і поставила вимогу "добровільно" зректися гетьманства, що він і зробив. Йшов 1764 рік — час коли Російська імперія остаточно перетворила Україну в декілька адміністративно-територіальних одиниць Російської імперії.