Сергей Сергеевич был зачислен в Горьковский государственный университет на биологический факультет на должность профессора, заведующего кафедрой генетики с 1 августа 1935 года.
Лектором Сергей Сергеевич был очень оригинальным. Свободное изложение материала лекции без использования конспектов, строгая логика, общая «подобранность» лектора и точность формулировок увлекали и завораживали студентов. На первой же лекции Сергей Сергеевич предложил слушателям, не стесняясь, прерывать его вопросами по ходу изложения материала, так как считал, что нельзя двигаться дальше, если что-то не усвоено или не понятно в уже пройденном. Он часто производил различные математические вычисления и решение генетических задач на доске и искренне радовался, если кто-то из студентов замечал описку или пропущенный знак, и всегда благодарил за замечание. Ведь это было свидетельством активной работы аудитории и напряженного внимания слушателей.
был избран деканом и руководил работой факультета до 1947 года. В 1940 году, выступая на выпускном вечере, ректор университета М. А. Шеронин говорил, что Сергей Сергеевич не только лучший декан университета, но и лучший из деканов, каких он встречал в своей жизни.
В годы Великой Отечественной войны
Во время Великой Отечественной войны работа кафедры значительно сузилась. передать его личные карточки на хлеб и продукты пострадавшему студенту, якобы в порядке оказания помощи от профсоюза. Для обсуждения доклада, курсовой или дипломной работы он приглашал студентов к себе домой и под разговор угощал их чаем с пирогами.
После войны всю свою энергию Сергей Сергеевич употребил на восстановление и расширение работы факультета. В частности, была организована новая кафедра экологии животных. Руководимая самим Четвериковым кафедра генетики и селекции вновь набирала силы. На кафедре вновь появились аспиранты и студенты-энтузиасты. Продолжались работы по селекции китайского дубового шелкопряда. По поручению Наркомзема Сергей Сергеевич занялся задачей приспособления шелкопряда к жизни в средней полосе России (шелк нужен был для производства чесучи, из которой делались парашютная и аэростатная ткань для армии). Задача была решена к 1944 году. Опыт показал, что выведенная порода хорошо приживается даже в Сибири. Новая порода шелкопряда получила название «Горьковская моновольтинная».
Последние годы жизни
В 1947 году С. С. Четвериков внезапно заболел одновременно со своей женой, которую мучили жестокие приступы стенокардии. У Сергея Сергеевича был инфаркт миокарда, но от него диагноз скрыли, и он до конца жизни не знал, что у него за последние 10 лет было не три, а четыре инфаркта. В конце мая Сергей Сергеевич уже поднялся на ноги, хотя до работы его ещё не допускали. Анна Ивановна скончалась в первых числах июня. За лето он окреп и с обычной энергией проработал 1947—1948 учебный год. От должности декана он, однако, отказался.
С. С. Четвериков покинул университет, не считая возможным отказаться от своих научных воззрений. Но самая тяжёлая потеря заключалась в том, что были подвергнуты запрету и на десятилетие преданы забвению его замечательные работы 1920-х годов, на базе которых выросли две новые биологические дисциплины — популяционная и эволюционная генетика.
Материал для этого у него имелся в виде богатейшей коллекции бабочек. Уже в 1948 году Сергей Сергеевич начал разбор, ремонт и систематизацию своих коллекций. вышли из печати две статьи Сергея Сергеевича, посвящённые бабочкам. Однако эту увлекательную для Сергея Сергеевича работу ему через год-два пришлось сначала ограничить, а затем и оставить: зрение прогрессивно ухудшалось. Вскоре к этому присоединилось и ослабление слуха.
В середине июня 1959 года днём разразилась гроза. Сергей Сергеевич спал. Во сне произошло кровоизлияние в мозг, он проснулся, но не мог ничего сказать. Правая половина тела была парализована. Борьба за жизнь длилась более двух недель. Однако последовал второй инсульт, и 2 июля 1959 года С. С. Четвериков ушёл из жизни. Сергей Сергеевич был похоронен в Горьком.
Награды и звания
За научные исследования по шелкопряду в 1944 году Четвериков был награждён орденом «Знак Почета», а позднее он получил медаль «За доблестный труд в Великой Отечественной войне».
В 1945 году он был утвержден в ученой степени доктора биологических наук без защиты диссертации.
В конце зимы 1959 года С. С. Четвериков получил письмо из Германии, в котором он извещался о том, что Академия естественных наук «Леопольдина» приглашает его на торжественное заседание, посвященное 100-летию издания Дарвином исторического труда «Происхождение видов». Но Сергей Сергеевич был уже настолько слаб, что воспользоваться предложением не мог. В апреле состоялся юбилейный конгресс, на котором 18 биологов мира были награждены почетной медалью «Планкетта Дарвина» за развитие и укрепление эволюционного учения и генетики. В числе награжденных был и Сергей Сергеевич. За несколько дней до кончины Сергея Сергеевича на его имя было получено письмо из ГДР, в котором извещалось о его награждении «Планкеттой». Получение её является предметом гордости советской биологии.
Память
В 1969 году могилу С. С. Четверикова была перенесена из заброшенного угла кладбища на центральную аллею и на ней установили памятник с бронзовым барельефом, сделанным скульптором Людмилой Кулаковой.
С 1969 года в университете проводятся Четвериковские чтения, в музее истории университета существует мемориальный уголок С. С. Четверикова, а на здании биологического факультета установлена памятная мемориальная доска, выполненная Л. Кулаковой.
В 1977 году 3-й Заярский проезд в Советском районе, тогда еще города Горького, был переименован в улицу Четверикова.