9 января 1905 г. в Санкт-Петербурге проходила и была расстреляна массовая мирная демонстрация рабочих. В историческом календаре России навсегда осталось Кровавое воскресенье, а в исторической памяти народа — роль священника-провокатора Гапона.
В феврале 1905 г. публикуются два взаимоисключающих акта: Указ, который разрешал подавать проекты об усовершенствовании государственного устройства, и Манифест, который утверждал незыблемость самодержавия. В мае на рассмотрение министров был вынесен проект о создании законодательного органа — Думы. Революционный подъем, с одной стороны, вызвал возрастание карательных функций государственного аппарата, с другой — принудил власть к некоторым уступкам. И, хотя целью уступок был раскол революционного движения путем нейтрализации крестьянства и подкупа буржуазии, первые шаги к демократизации были сделаны. Манифест от 17 октября 1905 г. обещал гарантию свободы на началах неприкосновенности личности, свободы совести, слова, собраний и союзов, провозглашал определенные, избирательные права и образование законодательного органа — Государственной думы. Правда, ответственность министров перед Государственной думой не была определена, и министерства фактически остались в полном подчинении у императора. В октябре 1905 г. произошла реорганизация Совета министров, он стал постоянно действующим органом. Этот акт, назывался «О мерах к укреплению единства в деятельности министерств и главных управлений». В декабре 1905 г. было подавлено вооруженное восстание в Москве.
В 1906 г. Государственный совет был превращен в законодательный орган — верхнюю палату российского парламента. Законы Российской империи пересматривались в ускоренном порядке. 23 апреля были приняты Основные государственные законы. Они определили двухпалатную парламентскую систему и подчеркивали, что император осуществляет государственную власть вместе с Думой и Государственным советом, но без императорского утверждения, ни один закон не приобретает силы. В апреле был упразднен Кабинет министров, его, функции передавались частично Совету министров, частично Государственному совету. Министры назначались царем и были ответственны только перед ним. В апреле же издан документ Государственного совета «О преобразовании Верховного суда»: теперь должностные преступления изымались из административного производства и передавались на рассмотрение окружных судов, судебных палат, департамента Сената и Верховного уголовного суда. Государственная дума проработала 72 дня и 8 июня была распущена. 3 июня 1907 г. вместе с Манифестом о роспуске Думы опубликовано новое Положение о выборах, которое нарушало принципы Манифеста 17 октября 1905 г. об обязательном одобрении Думой новых законов.
Этот период впоследствии был выразительно характеризован в заявлении Временного правительства: «Актом 17 октября 1905 г. под давлением пробудившихся народных сил России были обещаны конституционные свободы. Но обещания эти не были исполнены. В итоге, первая Государственная дума была распущена. Вторую Думу постигла та же участь, правительство актом 3 июня 1907 г. отняло у населения часть отданных ему прав на участие в законодательной деятельности. В течение долгих девяти лет у народа отнимались, все завоеванные им права».
В августе 1906 г. Совет министров принял Положение об учреждении военно-полевых судов. Указанное Положение фактически предусматривало изъятие дел из ведения обычных судебных инстанций и передачу их полевым судам, которые состояли из офицеров и рассматривали дело не долее двух суток. Смертная казнь была практически единственным видом приговоров и приводилась в исполнение в течение 24 суток (за 8 месяцев было казнено 1100 человек).
Министерство юстиции, сознавая свою ответственность за законность действий властей, сделало попытку пересмотреть вопрос о военно-полевом суде. 27 июня 1907 года июня был принят Закон, который производство дел в военно-окружных судах по срокам и упрощенной процедуре приблизил к практике военно-полевых судов. Внесудебную расправу проводило Особое совещание, образованное при Министерстве внутренних дел, куда входили два представителя от Министерства юстиции.
Министерство юстиции и Министерство внутренних дел координировали свои действия при проведении избирательных кампаний всех четырех созывов Государственной думы, добиваясь закрепления большинства мест в Думе за представителями дворян-землевладельцев. Существовала тесная связь прокуратуры с полицией: они фальсифицировали материалы судебных дел — департамент полиции при содействии прокуратуры насаждал провокаторов в революционных организациях. Суд также сближался с жандармерией и охранкой. Типичным явлением при Министерстве юстиции была фальсификация политических процессов и прекращение дел о преступлениях, совершенных чиновниками полиции и охранки. Десять лет спустя об этом периоде в постановлении Временного правительства от 25 марта 1917 г. говорилось, что исключительный военный суд стал обычным явлением.
Министерство юстиции, возглавляя всю судебную систему, проявляло инициативу по ужесточению репрессивных мер. В 1903 г. в связи с утверждением нового Уголовного уложения Министерство юстиции подготовило проект закона «О некоторых изменениях в порядке производства по делам о преступных деяниях государственных и о применении к оным нового Уголовного уложения». Проект разрабатывался по соглашению с Министерством внутренних дел, был утвержден 4 июня 1904 г. и устранил возможность разрешения дел о государственных преступлениях в административном порядке. По этому закону Министерство юстиции уже не принимало непосредственного участия в решении политических дел, однако осуществляло надзор за их производством.
В 1905 г. был поднят вопрос о возложении производства предварительного следствия по делам о государственных преступлениях на участковых судебных следователей и заменяющих их мировых судей. К этим делам причислялись дела о политических демонстрациях, об участии в противоправительственных сообществах, об устной противоправительственной пропаганде. Лицам прокурорского надзора запрещалось принимать участие в политических союзах и обществах. Другие циркуляры и Закон от 7 июня 1904 г. настаивали на непубличности судебного заседания по делам о «преступных деяниях государственных». Прокурорам предписывалось заблаговременно предлагать судебной палате закрыть двери заседания на все время слушания таких дел. С целью ускорения предварительного следствия по делам о государственных преступлениях, число которых чрезвычайно выросло в этот период, устанавливался упрощенный порядок предварительного следствия. Он был определен в циркуляре от 14 июля 1906 г. «О принятии энергических мер к тому, чтобы при производстве предварительных следствий по делам о преступлениях государственных исследование ограничить выяснением лишь самых существенных данных для определения состава преступления, изобличения лиц виновных и оценки доказательной силы, собранных по делу улик». Были изданы также циркуляры о направлении писем политзаключенных на исследования в жандармские управления, о слушании в окружных судах вне очереди дел о крестьянских беспорядках.
В сложный революционный период Министерство юстиции особенно было обеспокоено составом судебного ведомства. В него подбирались чиновники, соответствующие требованиям времени. Суды пополнились монархистами. Пристальное внимание было уделено штатам тюремного ведомства, в 1906 г. увеличены оклады тюремным надзирателям.
Ужесточились условия содержания заключенных в суде и на каторге, а также ссыльных. Произвол тюремной администрации, применение жестоких мер воздействия на арестантов, неустроенность быта стали обычным явлением. Иные циркуляры в этот период позволяли применять оружие против арестантов. Так, инструкция от 20 ноября 1907 г. приказывала стрелять в окна тюрьмы, если арестанты пытались вступить в разговор, портили оконные рамы и т. п. Разрешалось также применять оружие в случае беспорядков и сопротивления арестантов. Стрельба вверх или холостыми патронами запрещалась. Инструкция, изданная в 1906 г., разрешала при пересылке арестантов применять оружие в случаях неисполнения требований прекратить песни и речи. Для предупреждения побегов 7 апреля 1907 г. были введены «предупредительные связки», которые скрепляли у арестантов особым кольцом руки и ноги. Кандалы применялись вплоть до февраля 1917 г.
Репрессивный курс Министерства юстиции проявился и в его участии в законотворческой деятельности. Так, в 1905 г. был подготовлен проект (утвержденный в 1906 г.) о сокращении сроков следствия и судебного разбирательства дел о государственных преступлениях, ускоряющий применение репрессий в отношении участников революции. Сроки рассмотрения дел в судах предлагалось сократить до трех дней. Предусматривался особый порядок рассмотрения уголовных дел, которые подлежали ранее решению окружных судов (без участия присяжных), мировых судей и земских начальников. Эта категория дел передавалась на рассмотрение окружных судов с участием сословных представителей. К весне 1906 г. был разработан проект реформы местного суда, предусматривающий введение института мировых судей. Их предлагалось назначать, а не избирать, как прежде. Однако недостаток кандидатов привел к решению согласиться на выборный порядок. Проект предусматривал меры, гарантирующие преимущества местному дворянству: мировым судьей мог быть избран кандидат, желательно с высшим образованием, владеющий земским цензом не ниже 7500 руб., а в столицах — 15 тыс. руб.
После драматических событий 1905—1907 гг. в России наступил, правда ненадолго, период подъема в разных сферах общественной жизни. В советский период пиком развития экономики в царской России признавался 1913 г., с ним сравнивались показатели более позднего времени. В 1908— 1909 гг. происходил экономический, промышленный подъем и намечались тенденции отката волны преступлений. Законы чрезвычайного времени сменились обычными нормативными актами, регулирующими мирную жизнь. Показательно в этом плане изменились тональность и фразеология инструкций по работе с заключенными в сравнении с правилами, установленными в годы реакции. Так, циркуляры 1910—1914 гг. предлагали в качестве мер воздействия на арестантов «религиозно-нравственные беседы» (хотя практика обращения с осужденными в большинстве случаев оставалась прежней). По представлению министра 3 июля 1908 г. был издан очередной Закон об усилении штата центрального управления Министерства юстиции. Тогда же чиновникам судебного ведомства были вновь увеличены оклады.