После агрессии НАТО усилился сепаратизм черногорского руководства.
В ноябре 2002 г. М. Джуканович ушел с поста президента Черногории и возглавил правительство. Президентом Черногории в мае 2003 г. был избран соратник Джукановича, бывший председатель парламента Филип Вуянович. Оппозиция своего кандидата на этих выборах не выдвигала.
14 марта 2002 г. руководители СРЮ, Сербии и Черногории подписали разработанное в Евросоюзе соглашение о переустройстве отношений в союзном государстве. Новое государственное объединение получало название сообщество Сербия и Черногория (СиЧ). Совместными органами объявлялись: однопалатный парламент, президент, совет министров и суд. Избираемый скупщиной президент предлагает состав Совета министров и руководит им. Кабинет составили пять министерств: иностранных дел, обороны, внешних и внутренних экономических сношений, защиты прав человека и национальных меньшинств. Единая армия подчинялась Верховному совету обороны в составе президента СиЧ и глав республик. Суд Сербии и Черногории был наделен функциями конституционного суда. В представительствах Югославии в международных организациях – ООН, ОБСЕ, Совете Европы и т.д. – обеспечивалось равное участие сербов и черногорцев.
Стороны договорились о беспрепятственном функционировании общего экономического рынка, включая свободное перемещение людей, товаров, услуг и капиталов. Имевшиеся расхождения в области торговой и таможенной политики должны были разрешаться в процессе гармонизации экономических систем республик с экономической системой Европейского союза. Наконец, вводился трехлетний мораторий на проведение в Черногории референдума о независимости.
4 февраля 2003 г. Союзная Республика Югославия перестала существовать. Появилось государственное сообщество Сербия и Черногория. Его президентом был избран представитель Черногории Светозар Марович.
В марте 2003 г. был убит сербский премьер З. Джинджич. Гибель Джинджича стала началом заката правления ДОС.
Выборы нового состава парламента Сербии состоялись в декабре 2003 г. Демократическая партия Сербии заняла на них только второе место. Но именно ее лидер В. Коштуница сформировал правительство, сумев привлечь к сотрудничеству еще три партии. Правящая коалиция не имела за собой большинства депутатов скупщины, кабинет получил вотум доверия только благодаря нежеланию депутатов вновь избранной скупщины идти на ее очередной досрочный роспуск и новые, уже третьи по счету выборы. Правительство парламентского меньшинства также не смогло обеспечить стране политическую стабильность и экономические успехи.
июнь 2004 г. - очередные президентские выборы. Их победителем стал новый председатель Демократической партии Борис Тадич. В его лице Демократическая партия обрела сильного лидера и начала укреплять свои позиции в обществе.
Обострение борьбы в сербском политическом классе на рубеже веков благоприятствовало косовским сепаратистам, последовательно проводившим курс на выход из состава Сербии. В мае 2001 г. миссия ООН в Косово утвердила «Конституционные рамки временного самоуправления», и в ноябре того же года состоялись первые выборы в косовский парламент. Остатки сербского населения края эти выборы бойкотировали. Победу же на них одержала Демократическая лига Косово Ибрагима Руговы, обойдя своего главного конкурента - Косовскую демократическую партию (политическое крыло Освободительной армии Косово) Хашима Тачи. Ругова стал президентом Косово. Но Тачи смог контролировать правительство через члена своей партии, премьер-министра правительства Косово Байрама Реджепи.
Позже место премьер-министра Косово занимали представители еще одной партии – Союза за будущее Косово. В 2006 г. премьер-министром стал также принадлежавший к этой партии генерал Агим Чеку – воевавший с сербами еще в рядах хорватской армии, позже в ОАК, а затем возглавивший Косовский защитный корпус.
В конце 2005 г. в косовском урегулировании наступил своего рода переломный момент.
февраль 2006 г. - начался переговорный процесс между делегациями Сербии и косовских албанцев. Начало нового этапа в решении косовского вопроса совпало с кончиной И. Руговы - лидера косовских албанцев. На его место парламентом края был избран представитель Демократической лиги Косово Фатмир Сейдиу.
21 мая 2006 г. на референдуме, предусмотренном еще в конституционной хартии государственного сообщества, большинство жителей Черногории (55,5%) выступило за полный суверенитет своей республики. 3 июня парламент Черногории провозгласил ее независимым государством. Общая история Сербии и Черногории закончилась.
На первых после приобретения независимости черногорских парламентских выборах, состоявшихся в сентябре 2006 г., убедительную победу одержала правящая коалиция Демократической партии социалистов Черногории и Социал-демократической партии. М.Джуканович, оставшись лидером ДПСЧ, подал в отставку с поста премьер-министра. Его место занял Желько Штуранович.
28-29 октября 2006 г. на всенародном референдуме была одобрена новая конституция Сербии.