Результатом исследования лекарственной устойчивости ВИЧ является список выявленных мутаций вируса, приводящих к фенотипическим изменениям, выражающихся в способности к репликации в присутствии АРВ препарата. Выявленные мутации принято обозначать кодом «аминокислота-кодон-аминокислота», отражающим характер замены. Аминокислоты обозначаются однобуквенными кодами; кодон обозначается номером, по сути, указывающим номер аминокислоты в белке (обратной транскриптазе, протеазе, интегразе). Так как нумерация в каждом белке начинается с единицы, следует всегда указывать, о каком белке (гене) идет речь.
А
Аланин
G
Глицин
М
Метионин
S
Серии
С
Цитозин
Н
Гистидин
N
Аспарагин
Т
Треонин
D
Аспарагиновая кислота
I
Изолейцин
Р
Пролин
V
Валин
Е
Глутаминовая кислота
К
Лизин
Q
Глутамин
W
Триптофан
F
Фенилаланин
L
Лейцин
R
Аргинин
Y
Тирозин
Например, мутация устойчивости к ламивудину M184V в гене обратной транскриптазы обозначает замену метионина на валин в позиции 184 аминокислоты.
Для проведения интерпретации используют списки известных мутаций резистентности или формализованные алгоритмы виртуального фенотипирования. Данные алгоритмы могут быть включены в программное обеспечение коммерческих тестов для определения лекарственной устойчивости ВИЧ. Однако ввиду постоянного пополнения баз данных мутаций устойчивости ВИЧ и усовершенствовании алгоритмов интерпретации рекомендуется использовать международные открытые базы данных, размещенные в сети интернет. ВОЗ рекомендует использование для интерпретации результатов базу данных и алгоритмы Стэнфордского университета адрес в интернет (http://www.hivdb.stanford.edu/). Зеркало алгоритма интерпретации результатов Стэнфордского университета на русском языке реализовано во «Всероссийской базе данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам» адрес в интернет (http://www.hivresist.pcr.ru). На обоих ресурсах возможна интерпретация как введенной в специализированное окно нуклеотидной последовательности ВИЧ, так и загруженных файлов с последовательностями fasta. Результаты интерпретации представлены в таком виде, что для каждого препарата из группы ингибиторов протеазы и обратной транскриптазы указывается степень устойчивости ВИЧ по шкале чувствительности к препарату (устойчивость низкой, средней или высокой степени). Наличие устойчивости высокой степени является строгим показанием к замене препарата, устойчивости средней и низкой степени допускает сохранение препарата при введении в схему других препаратов, к которым вирус полностью чувствителен (актуально при мультирезистентности).
Мутации резистентности ВИЧ к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы (НИОТ), (Stanford HIV Drug Resistance Database summary June 22, 2013)
не-АТ
АТ
МЛУ
Cons
M
К
К
L
Y
M
D
К
L
T
К
T
Q
3TC
VI
R
E
Ins
M
FTC
VI
R
E
Ins
M
ABC
VI
R
E
VI
F
L
W
YF
Ins
M
ddl
VI
R
E
VI
L
W
YF
Ins
M
TDF
***
R
E
F
L
R
W
YF
Ins
M
d4T
***
R
E
L
N
R
W
YF
QE
Ins
M
ZDV
***
***
*
*
L
N
R
W
YF
QE
Ins
M
Жирный/подчеркнутый: высокий уровень снижения чувствительности к антиретровирусным препаратам или вирусологического ответа. Жирный: снижена чувствительность или вирусологический ответ.
Не выделенный текст: снижение чувствительности только в сочетании с другими мутациями. *: Увеличение чувствительности.
АТ: мутации к аналогам тимидина.
не-АТ: другие мутации НИОТ.
МЛУ: Множественная лекарственная устойчивость.
Добавочные мутации:K65N, K65R, K70GQ, K70E, T69D, V75MT, T215SCDEIV, T215YF, E40F, E44DA, D67GE, V118I, K219NR, K65R, Q151M, K65R.