Повернення М.С, Хрущова на Україні на початку 1938 року співпало з часом, коли в розпалі був культ особи Сталіна з усіма його атрибутами - нестримним вихвалянням Сталіна, зміною соціально-економічних відносин, духовним і фізичним терором. Жертвою репресій перш за все, стала найбільш сильна в інтелектуальному відношенні і найбільш стійка частина тих, хто складав Ленінське оточення. Сталінської адміністративно-командної системі не потрібні були діячі, які можуть не тільки поставити під сумнів те чи інше рішення, прийняте «нагорі», але і в будь-який момент запропонувати і обгрунтувати альтернативну лінію. Ця система потребувала виключно у виконавцях на чолі з лідером.
Звичайно, були і успіхи, і досягнення Радянської України в 20-30-ті роки, ігнорувати їх не можна, але там було скоєно чимало серйозних помилок і деформацій. Форсовано-примусове проведення колективізації, голод початку 30-х років, перегини у боротьбі з «націонал-ухильництва» або грубі порушення законності, репресії проти видатних діячів партії та уряду, військової верхівки, інтелігенції, комуністів і безпартійних. Саме в цей період цілком обгрунтована класова пильність почала поступово перетворюватися на загальну підозрілість, нагнітання напруженості, постійний і інтенсивні пошуки «ворогів народу».
У звіті ЦК КП (б) У, з яким М. С. Хрущов виступав у липні 1938 року на XIV з'їзді КП (б) У, він наводив факти, що свідчили про те, якого розмаху прийняли в партійних організаціях пошуки «ворогів народу». У Києві, приміром, компрометуючі матеріали були подані на половину складу міської парторганізації, а із 130 комуністів республіканської Академії Наук 111 людей були «відзначені» матеріалами подібного роду. З квітня 1937 по травень 1938 року з партії було виключено 16 511 членів і кандидатів у члени КП (б) У, або 5,8% комуністів, причому тільки за перше півріччя 1937 - 11 270 осіб.
М. С. Хрущов належав до тієї генерації партійних діячів, на яку спирався Сталін, до тих, кого можна назвати сталінськими висуванцями. Крім того, ще раз слід підкреслити, що М.С, Хрущов був «першою особою» і в Московській парторганізації, і на Україну, а значить, несе відповідальність за все, що відбувалося з людьми, якими він керував.
З приїздом Хрущова політика «коренізації» остаточно завершилася. Постановою ЦК КП (б) У від 10 квітня 1938 року «Про реорганізацію шкіл на Україні» створення навчальних закладів, в яких навчальний процес здійснювався на мовах національних меншин, кваліфікувалася як «насадження особливих національних шкіл», які були вогнищами «буржуазно-націоналістичного впливу на дітей », а їх функціонування вважалося« недоцільним і небезпечним ». Такі школи та навчальні заклади були ліквідовані, а учнів перевели до школи з українською та російською мовами навчання. Про це Хрущов говорив у доповіді на вищезгаданому XIV з'їзді КП (б) У, наполягаючи на тому, що «слід очищати вчительські кадри від ворожих елементів. А серед працівників шкіл, ми не повинні закривати очі, багато петлюрівців, офіцерства ». Тепер вже Хрущов виступає і проти «українізації». Хрущов оголосив «фашистами» ні в чому не винних партійних і державних керівників А. А. Хвилю, В. П. Затонського, А. П. Любченко. З його приїздом на Україні різко змінилася каральна практика: майже всі заарештовані присуджувалися до вищої міри покарання. Таку зміну можна пояснити і приїздом в республіку в лютому 1938 року наркома внутрішніх справ СРСР М. І. Єжова. У тому ж році жертвами репресій стали багато українських чекісти - тільки з керівного складу НКВС були розстріляні 1199 людей.
У 1939 році Хрущов став членом Політбюро ЦК ВКП (б). Багато уваги приділяє він у передвоєнні роки розвитку економіки України, зокрема вугільної промисловості. Також, Хрущов займається поділом деяких областей республіки і створенням на їх базі нових. Ще у вересні 1937 року були створені Миколаївська, Полтавська, Житомирська, Кам'янець-Подільська, в червні 1938 року - Ворошиловградська, в січні 1939 року - Запорізька, Кіровоградська і Сумська області. У цих областях створювалися обласні партійні комітети, що вимагало величезної уваги від ЦК КП (б) У.
Загалом Хрущов послідовно виконував сталінський наказ. Він багато їздив по республіці, бував у колгоспах, постійно спілкувався не тільки з керівниками, але і з агрономами, простими сільськими трудящими. У травні 1940 року відбувся XV з'їзд КП (б) У. Аналізуючи становище сільського господарства, Хрущов зазначив рішення березневого (1940 рік) пленуму ЦК ВКП (б), які були спрямовані на подальшій зміцнення колгоспного ладу, дисципліни серед колгоспників. На той момент на Україні налічувалося 27 374 колгоспу, 1025 МТС, 803 радгоспу. У сільському господарстві працювало 88,2 тисячі тракторів, більш ніж 30 тисяч комбайнів, близько 40 тисяч автомашин.
У 1939 році урожай зернових склав 13,6 центнера з гектара, валовий збір зерна за цей рік збільшився на 21,5%. Значно зросла, у порівнянні друге п'ятирічкою, і продуктивність тваринництва. На початок 1940 року поголів'я великої рогатої худоби збільшилося на 139%, свиней на 128%, овець та кіз на 156%.
Чимало сил в ту пору доводилося віддавати вирішення проблем, пов'язаних з возз'єднанням західно-українських земель і соціалістичними перетвореннями на цих землях.
У зв'язку з цим слід сказати про ставлення Хрущова до договору про ненапад від 23 серпня 1939 року між Німеччиною і СРСР. Сам Микита Сергійович не брав участі в переговорах з рейхміністром Ріббентропом. Його візит до Москви був для Хрущова такою ж несподіванкою, як і для деяких членів Політбюро. Проте, Хрущов був одним з перших, кому Сталін розповів про підсумки переговорів і про секретному додатковому протоколі.
1 вересня 1939 Німеччина напала на Польщу, а 17 вересня частини Червоної Армії вступили на територію Західної України і Західної Білорусі разом з командувачем Київським військовим округом С. К. Тимошенко в цьому поході брав участь і Хрущов. Його спогади зайвий раз підтверджують, що існувала, зазначена секретними протоколами (за договором від 23 серпня 1939 року та за договором про «дружбу і кордон» від 28 вересня 1939 року), лінія, далі якої німці не йшли на схід, а Радянські війська не просувалися на захід.
Хрущов до кінця свого життя був переконаний в історичній неминучості «пакту Молотова-Ріббентропа». Але домовленість з фашистською Німеччиною викликала в нього неприємні почуття, тривогу.
Створення на Західній України партійних і державних органів, спроби організувати життя на принципово нових цінностях відбувалося в надзвичайно складних умовах. До об'єктивних труднощів додавалися і проблеми, створювані антилюдської політикою Сталіна. Возз'єднання західноукраїнських земель в єдиній Українській державі восени 1939 року принесло трудящим цього регіону не тільки виконання багаторічної мрії, а й трагічні випробування. Так, з осені 1939 по осінь 1940 року, було репресовано, головним чином депортовано без суду і слідства, навіть без письмового звинувачення, близько 10% населення Західної України і Західної Білорусії. За архівними даними, на листопад 1940 року з цих регіонів було вислано 312000 сімей, або 1173170 чоловік.