Градообразующей основой во все времена для города оставалась 1-я Краснознаменная Флотилия атомных подводных лодок, сформированная в 1961 году на базе 206-й отдельной бригады подводных лодок. Много новых страниц вписали в славную летопись боевой славы Российского флота экипажи подводных кораблей 1-й Краснознаменной Флотилии атомных подводных лодок СФ!
Июнь 1962 года, Первая советская подводная лодка "К-3""Ленинский Комсомол" впервые в истории ВМФ совершила поход подо льдами Арктики и всплыла в районе полюса.Командир - капитан 2 ранга Л.М.Жильцов, командир электромеханической БЧ капитан 2 ранга Р.А.Тимофеев и руководитель похода контр-адмирал А.И. Петелин стали героями Советского Союза. (Первым в истории нашего города Героем Советского Союза был первый командир подводной лодки "Ленинский Комсомол" - Л.Г.Осипенко, удостоенный этого звания в 1959 году за освоение новой техники).
Сентябрь 1963 г. Две АПЛ - "К-115" (командир - капитан 2 ранга Дубяга И.Р.) и "К-178" (командир - капитан 1 ранга Михайловский А.П.) - совершили первый в истории отечественного мореплавания переход подводных лодок на Тихоокеанский флот подо льдами Арктики со всплытием у полярных станций "Северный полюс - 12" и "Северный полюс - 10". 18 февраля 1964 года А.П.Михайловский удостоен звания "Герой Советского Союза". В сентябре 1963 года еще одна лодка 1-й флотилии АПЛ - "К-181", под командованием капитана 2-го ранга Сысоева Ю.Л., совершила успешный поход и всплытие в географической точке - Северный полюс. Экипаж лодки водрузил на полюсе Государственный и Военно-Морской флаги СССР. В феврале 1964 года Ю.Л.Сысоеву присвоено звание "Герой Советского Союза".
Февраль 1966 г. Впервые в истории ВМФ СССР отряд атомных подводных лодок, под командованием контр-адмирала Сорокина А.И., совершил кругосветный поход без всплытия на поверхность. За полтора месяца подводники прошли расстояние свыше 25 тысяч миль. В мае 1966года Сорокину А.И. и еще пяти участникам похода было присвоено звание "Герой Советского Союза".
Но есть, к сожалению, в летописи флотилии даты и события, о которых невозможно говорить без боли. За прошедшие 70 лет со дня, когда на воду сошла первая атомная лодка "К-3", море забрало не один десяток жизней подводников, уходивших на защиту морских рубежей нашей Родины. На самой легендарной лодке "К-3" "Ленинский Комсомол", в сентябре 1967 года во время аварии погибло 39 членов экипажа. Они захоронены в братской могиле недалеко от Заозерска, среди сопок, в стороне от людских глаз. Но в городе помнят о них и чтят их память. Не случайно главная улица города носит имя АПЛ "Ленинского Комсомола". Незаживающей раной является и гибель атомной подводной лодки "Комсомолец", произошедшая в Норвежском море 7 апреля 1989 года. Величественно возвышается над городом мемориальный комплекс, воздвигнутый в ноябре 1991 года в память о погибших на "Комсомольце" подводниках, напоминая о силе духа, мужестве и героизме моряков, до конца выполнивших свой воинский долг.
Улицы города названы именами героев, помнят заозерчане и о подвигах матроса Леонида Рябинина, лейтенанта Бориса Корчилова, которые ценой собственной жизни предотвратили взрывы атомных реакторов на подводных лодках и спасли боевые корабли и жизнь своих товарищей. Их именами названы улицы города.
Есть в Заозерске улица имени Ивана Александровича Колышкина, командира легендарной подводной лодки "Д-3", которая во время войны повредила и отправила на дно более двухсот вражеских кораблей.
В ходе проведения организационно-штатных мероприятий, связанных с сокращением Вооруженных сил, с 1991 года штатная численность объединения уменьшилась на 28%. За этот период экипажей подводных лодок, вспомогательных судов, береговых подразделний расформировано более 40. Утилизируются корабли, уходят с флота высококлассные специалисты - офицеры и мичмана. Многие уезжают из города. За период с 1991 года население Заозерска сократилось на 18%. Но несмотря на все трудности, город продолжает жить. Администрация Заозерска прилагает немалые усилия для поддержания жизни горожан. В 1993 году в городе построена и сдана в эксплуатацию новая общеобразовательная школа на 1296 мест. В 1997 годусдано в эксплуатацию здание нового крытого рынка на 45 торговых мест и 8 киосков. Достраивается рыночная площадь с оборудованными летними павильонами. В 1997 году в Заозерске открыт филиал Мурманского кооперативного техникума. Благодаря администрации города, нашлось место и для православного храма, который также был открыт в городе в 1997 году.