Лютер более не занимал на сцене центральную позицию. После 1521 г. его самыми яркими достижениями стали перевод Библии и — тем самым — фактическое создание современного немецкого литературного языка, разработка собственного религиозного учения и включение музыки в основу церковного богослужения. Многие из тех, кто был склонен принять его учение, не хотели рассматривать это как непоправимый разрыв с Римом. К подобной позиции с пониманием относились некоторые представители католического лагеря (включая, в течение многих лет, и самого императора Карла V), которые ради воссоединения церкви готовы были пойти хотя бы на некоторые уступки лютеранам. С самого начала, однако, распространение Реформации было тесно связано с политическими и экономическими интересами. Многим немецким князьям и городам оно давало возможность разорвать отношения с Римом, чтобы присвоить церковную собственность или восторжествовать над политическими оппонентами. В 1524—1525 гг. крестьяне южной и центральной Германии оправдывали свои действия учением Лютера о христианской свободе. Реформатор ужаснулся, увидев, как его взгляды искажаются в чисто мирских целях, и призвал князей к подавлению их мятежных подданных. Именно так князья и поступали; но кто мог бы призвать принцев или крупные укрепленные города к выполнению их католического долга? Император был слишком занят войнами с французами в Италии и на границе с Нидерландами. В перерывах между этими кампаниями он пытался вести войну против турок в Средиземноморье, чтобы возвратить хотя бы некоторые христианские твердыни, уступленные мусульманам. Император оставил своего брата Фердинанда ответственным за императорскую власть в Германии, но Фердинанд в это время воевал в Венгрии с турками и своими соперниками, претендующими на венгерскую корону. Эту корону Фердинанд считал своей после того, как его шурин Лайош II, последний независимый венгерский король, погиб в битве при Мохаче. Чтобы вести все эти войны, братья Габсбурги нуждались в немецких деньгах, немецких войсках и, что было не менее важно, в мирной Германии. Поэтому всякий раз, как необходимость мира перевешивала прочие соображения, они шли на компромисс с немецкими городами и князьями по поводу протестантской религии. Но в 1529 г., когда, наконец, был заключен мир с Францией (который, подобно многим прочим, продлился недолго), а с Вены сняли первую турецкую осаду, Карл решил привести в действие прежние эдикты против лютеран. На имперском собрании (рейхстаге) в Шпейере лютеранские князья подали протест, и это дало название «протестантизм» всему реформаторскому движению. Однако даже в таких благоприятных условиях рейхстаг принял компромиссное решение, согласно которому «в делах, касающихся почитания Бога, спасения и вечной жизни наших душ, каждый должен действовать и отвечать перед Богом самостоятельно». Однако в следующем 1530 г. соглашение, фактически заключенное между императорскими теологами и некоторыми лютеранами, было нарушено Лютером и папой, отстаивавшими свои прежние теологические позиции. Последующие шаги были жестокими и логичными: протестантские князья и города объединились в военный союз, Шмалькальденскую лигу, а Карл V, четверть века мирившийся с немецкими еретиками, на сей раз решил покончить с этой проблемой при помощи силы. В 1546—1547 гг. он разбил Шмалькальденскую лигу и захватил ее вождей — курфюрста Саксонского и ландграфа Гессенского. Шмалькальденская война оказалась первой пробой той политики, которую христианской Европе предстояло проводить в течение последующих ста лет. Военные восторжествовали над дипломатами. Политические и религиозные дебаты перетекли в гражданские войны, а последние слились с внешними войнами между великими державами. Противоречия в этих войнах никогда не определялись строго религиозными критериями. Самым полезным союзником Карла V в Германии оказался протестант, герцог Мориц Саксонский, завидовавший титулу курфюрста, которым обладал его кузен. В награду он получил и титул кузена, и половину его земель, а через несколько лет выступил против императора. Еще раньше, в середине войны, папа, другой союзник Карла, вывел свои войска из Германии, и вскоре папские и имперские войска стояли в Италии друг против друга, поскольку императора никак не устраивало желание папы присвоить для своей семьи, рода Фарнезе, небольшие герцогства Парма и Пья-ченца. В Германии война в конце концов закончилась компромиссом. Брат Карла, Фердинанд, которому предстояло занять имперский трон, вынужден был принять условия Аугсбургского религиозного мира (1555): отныне немецкие князья могли по своему усмотрению выбирать между католицизмом и протестантизмом и навязывать свой выбор собственным подданным. Свобода совести, означавшая для Лютера истинность христианской веры, оставлялась только для князей.
Монархи, порвавшие с Римом преимущественно по политическим соображениям (например, король Швеции и новый герцог Пруссии), с радостью разрешали лютеранским проповедникам и богословам обращать своих подданных в новую веру и создавать церкви, которые гораздо больше зависели от светских властей, чем католическая. Даже Генрих VIII Английский, питавший неприязнь к протестантам, никак не мог противодействовать распространению протестантских идей и образа жизни в условиях разрыва с Римом.