Эта обитель основана преподобным Феодосием, Тотемским чудотворцем. Первоначальник её - преподобный Феодосий был постриженником Спасо-Прилуцкого Димитриева монастыря. У раки преподобного Димитрия возносил он к Богу горячие молитвы в судьбоносные моменты своей жизни и принял дух его и принес на тотемскую землю, где просиял подвигом и упокоился своими святыми мощами. Дни памяти по новому стилю: 10 февраля (день успения) и 15 сентября (обретение святых мощей).
Монастырь получил свое название от главной в нем Спасо-Преображенской церкви и фамилии основателя его преподобного Феодосия Суморина. Род Сумориных происходил из Вологды, где и родился преподобный в годы царствования великого князя Василия Ивановича (царствовал с 1505 г. 27 окт. по 1533 г. 4 дек.).
Отрок по летам, Феодосий казался мудрым и сдержанным подобно старцу, не выходя из повиновения своим родителям, он думал об угождению Богу. В XVI веке окрестности Вологды были наполнены иноческими обителями, которые привлекали юношу, склонному к монашеству по своему характеру и воспитанию. Но исполняя Божественную заповедь о почитании родителей, он вступил в брак, где вскоре родилась дочь Марина. Однако семейная жизнь с её попечениями не изменила глубокое внутреннее стремление к иноческой жизни. Вскоре по смерти родителей и супруги преподобный Феодосий смог его исполнить. Все свое имение он передал родственникам, на попечении которых осталась его дочь, и принял постриг от игумена Спасо-Прилуцкого монастыря.
Исполнив свое сердечное желание, новый инок с великой радостью проходил все монастырские послушания: рубил дрова, носил воду, молол муку, пек хлебы, трудился на поварне. Он старался во всем подражать преподобному Димитрию, также как он употреблял в пищу только хлеб и воду, и то в малом количестве. В это время Прилуцкий монастырь, как сказано в житии преподобного, "в великом расхищении бысть от нахождения" казанских татар, что случилось, по местной Вологодской летописи, в конце лета 1539 года. Пострадали и окрестные монастырские села, на их устройство и был послан преподобный Феодосий. За этим занятием провел он около трех лет ("многое время пребысть безо всякого преслушания"). Затем, "видя его прилежание к делу разумна и великие труды неотложны", игумен и братия Прилуцкого монастыря решили послать Феодосия против его желания "на службу на приказ во град глаголемую Тотму, на строение там своего соляного промысла", разоренного татарами тоже в конце лета 1539 года.
После продолжительной, усердной молитвы при гробе преподобного Димитрия, преподобный Феодосий отправился в Тотьму, где с великим усердием принялся за исполнение порученному его дела. Управление его было таково, что никогда Спасо-Прилуцкий монастырь не получал от варниц столько выгоды, как при нем. При этом также и рабочие были обеспечены и довольны, за что они глубоко почитали нового управителя.
В Тотьму преподобный Феодосий прибыл не позднее января 1543 года, еще в то время, когда оставшиеся в живых жители решились, наконец, возобновить город, устроив вокруг его новый посад, в который переселялись и жители из старого посада от варниц. "Посад, и церкви Божий, и всякое строения в нем еще не исполнилось".
Преподобный Феодосий поселился "во граде", то есть в крепости, где была осадная изба Прилуцкого монастыря, и отсюда в первое время ходил на Варницы для наблюдения за работами, а затем, когда был возобновлен там монастырский двор "для приезду на приказ монастырских старцев и служек", переселился в старый посад. Здесь преподобный Феодосий наблюдал в первое время за устройством варниц и деревень Прилуцкого монастыря, а потом - за солеварением, прожил всего около десяти лет.
Но не хозяйственная жизнь занимала все помыслы преподобного Феодосия, глядя на пылающий огонь и кипящий рассол говорил он сам себе: «Феодосии, терпи этот жар и огонь, чтобы избежать огня геенского, трудись в поте лица над солью вещественной, чтобы иметь в себе соль духовную и сохраниться от тления греховного».
Тяготясь своими совершенно мирскими занятиями и видя, что в окрестностях нет монастыря, преподобный Феодосий решился отказаться от наблюдения за солеварением, удалиться в окрестные леса и построить там монастырь. Эта мысль зародилась у него вскоре же по прибытии в Тотьму, но общая разруха и сложные работы, возложенные на него монастырским послушанием, надолго затянули исполнение ее. В окрестных лесах, в двух верстах от города, ему понравился мыс между двух речек, Ковдой и Песьей Деньгой, где он и решил построить монастырь. Это место, по названию пустошь Симакинская, принадлежало вдове Марье Григорьевой Киселевой, рожденной Истоминской, к которой преподобный Феодосий и обратился с просьбой уступить ему это место под постройку монастыря. Последняя, благодаря усиленным просьбам преп. Феодосия, согласилась отдать ему пустошь со всеми угодьями. 10-го августа 1553 года написала ему "данную" от своего имени и детей на владение пустошью с тем условием, что он устроит здесь монастырь, в противном же случае пустошь снова переходит к ней во владение.
Заручившись таким документом, Преподобный поспешил в Прилуцкий монастырь, испросил у игумена увольнение и благословение на устройство нового монастыря. Игумен дал ему благословление на создание новой иноческой обители, преподал ему некоторые духовные наставления от Божественного Писания и отпустил с миром. Получив благословение игумена, Преподобный поспешил в церковь преподобного Димитрия и с сердечными слезами и теплою молитвой испрашивал у чудотворной его раки незримого благословения на предлежащий подвиг.
Осенью того же он года возвратился в Тотьму рекою Сухоною. По прибытии на место сначала преподобный Феодосий устроил временный шалаш, а потом для зимы поставил деревянную келью, в которой и поселился. Посадские жители, осведомленные о намерении преподобного Феодосия, помогли ему в исполнении его: от имени всех горожан написали прошение царю, в котором просили государя разрешить старцу Феодосию Суморину построить вблизи города Тотьмы монастырь и строительствовать в нем, мотивируя свою просьбу тем, "что на Тотьме и во всем Тотемском уезде монастыря нет, и кто их при старости и при смерти захощет пострищись, иноде ему пострищись негде, и в том им бываеть нужда великая", и послали в Москву с прошением самого Феодосия. По этому прошению старец Феодосии в Москве 20-го февраля 1554 г., с благословления Митрополита Макария, получил от царя разрешение на устройство монастыря и грамоту, освобождавшую монастырь от податей и пошлин и от подсудности местному наместнику. Из Москвы преподобный Феодосий отправился в Ростов к архиепископу, во владении которого в то время находилась Тотьма. От Ростовского архиепископа Феодосий получил благословленную грамоту по устройству церкви в честь Преображения Господня и антиминс для нее и возвратился в Тотьму.
На обратном преподобный Феодосий не мог миновать в Прилуцкий монастырь, чтобы снова испросить благословения великого угодника Божия преподобного Димитрия, у мощей которого он так любил молиться, на свое предприятие, и здесь получил в благословение от обители икону Божией Матери, известную впоследствии под названием Суморинской и стоявшей пред ракой Преподобного. На окладе этой иконы, на основании старых монастырских записей, была сделана надпись, указывающая время возвращения преподобного Феодосия в Тотьму: "В Спасо-Суморинскую обитель сей святой образ принесен руками преподобного Феодосия, Тотемского новаго чудотворца из Спасо-Прилуцкого Вологодского монастыря в 1554 г. июня 29 дня".
По возвращении из путешествия, как видно из грамоты 1555 г., уже к марту 1555 г. Преподобный устроил церковь во имя Преображения Господня и монастырь: "От города (т. е. от крепости) две версты, меж речками Ковды и Песьи Денги" и собрал братию: "священник черной да шесть братьев чернецов, а приходу и доходу у того монастыря нет ни которого, а кормятся де они секут дрова да у соли продают, а с опричь де им дров прокормиться нечем, и в том де им нужда великая, и впредь де им прожити немочно». Ввиду такой крайней нужды преподобный Феодосий просил царя дозволение иметь на тотемских солеварнях монастырския трубы и добываемую соль продавать безпошлинно в пользу обители. Царь милостиво отнесся к просьбе уважаемого старца и 1555 г. дал ему свою царскую грамоту, которой ему дозволялось безоброчно устроить в Тотемском усолье трубу и добывать соль, а попудную пошлину с проданной соли платить наместнику "по уставно грамоте Тотемской".
Около 1560 г. по указу архиепископа Ростовского и Ярославского Преподобный возобновил в Тотемском уезде, на речках Реже и Ваге, Спасо-Николаевскую Ефремову пустынь и собрал в ней братию. С того до преставления преподобного Феодосия, как видно из завещания его, Режская пустынь и состояла во владении Спасо-Суморина монастыря, но потом, неизвестно с какого года, перешла в управление Николо-Угрешского монастыря.
Устрояя и обогащая обители земные, временные, преподобный Феодосий еще более заботился об уготовлении себе и другим обители вечной на небесах - по мере умножения числа братии, он увеличивал и заботы о них, непрестанно поучал и назидал их словом, а особенно собственным своим примером, отказывая себе во всем и провождая жизнь самую строгую и подвижническую: тело изнурял трудами, постом и всенощными стояниями, душу же укреплял молитвою и не давал себе ослабы, и не изменял своего правила до самой своей блаженной кончины. Келейные подвиги Преподобного были ведомы только Богу. Только после смерти узнала братия, что он носил на своем теле вериги, врезавшиеся в плоть и жесткую власяницу, до крови терзавшую тело. В то же время преподобный Феодосий не показывал и виду страданий, всегда со всеми был радушен и приветлив.
Около тринадцати с половиной лет преподобный Феодосии управлял своей обителью; предчувствуя приближение смерти, написал завещание 19 декабря 1567 года и 28 января 1568 года скончался. Мощи его были обретены в 1796 году 2-го сентября, и указом Святейшего Синода от 30 сентября 1798 г. установлено празднование преподобному Феодосию совершать 28 января (10 февраля по новому стилю).
Мощи преподобного Феодосия Тотемского в летнее время открыто покоились под балдахином в серебряной раке, устроенной в 1809 году, в холодной Вознесенской церкви под аркой, соединяющей ее с левым приделом. На зиму рака и мощи преподобного Феодосия переносились в Преображенскую церковь. Пред ракою Преподобного находилась чудотворная икона Божией Матери, именуемая Суморинской. В настоящее время икона утрачена, имеется список написанный с иконы преподобного Феодосия, где имеется её изображение.
В 1919 году мощи преподобного Феодосия Тотемского, несмотря на протесты христиан, были вскрыты и выставлены на всеобщее обозрение. Опасаясь дальнейшего возмущения, власти Тотьмы отправили вскрытые мощи в Вологду для выставления их в антирелигиозном музее. С 1920-х по 1988 год они хранились в запасниках Вологодского музея-заповедника. В 1988 году в честь 1000-летия Крещения Руси мощи были переданы музеем в Лазаревскую Горбачевскую церковь Вологды. 12 сентября 1994 года состоялось торжественное перенесение мощей в Троицкий храм города Тотьмы, где они помещены в раку. С 2001 года мощи находятся в храме Рождества Христова Тотьмы.
В июле 2014 года указами епископа Вологодского и Великоустюжского Игнатия было образовано Архиерейское подворье «Спасо-Суморин монастырь» города Тотьмы и назначен его настоятель иеромонах Феодосий (Писарев). С указанного времени обитель возрождается: проводятся регулярные богослужения, начиная с марта 2015 года совершается Божественная литургия. В настоящее время восстановлены два престола: всех Вологодских чудотворцев в нижнем теплом храме и Вознесения Господня в верхнем летнем храме Вознесенского собора. В юго-западной башне монастырской ограды оборудована колокольня. Своими силами созданы необходимые условия для жизни монастыря: отопление, трапезная, просфорня, келии для проживания.
Храмы и престолы Спасо-Суморина монастыря:
1.Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа -1555 год, первоначально деревянный, каменный храм строился в период с 1623 по 1689 годы.
1689г . -каменная церковь с приделом Введения (с севера).
1801 году -придел во имя Александра Невского (с юга).
2.Введения во храм Пресвятой Богородицы - не позднее 1623г. (деревянный)
3.Вознесения Господня - не позднее 1679г. (деревян.)
1757 год - заложена каменная и в 1764 году освящена.
1796-1825 год - построен Вознесенский собор, имеющий 8 престолов:
главный престол - Вознесения Господня, южный в честь иконы Тихвинской Божией Матери, северный - во имя преподобного Феодосия. В трапезе два придела: направо - во имя святителя Николая, Мирликийского чудотворца, налево - в честь святителя Петра, митрополита Московского. На хорах в 1866 году - храм во имя святителя Тихона Задонского. В нижнем этаже под Вознесенским храмом - храм в честь Киевопечерских чудотворцев, в 1844 году над местом, где были обретены мощи преподобного Феодосия - церковь во имя всех Вологодских чудотворцев.
4.Во имя святителя Иоанна Златоуста - стояла отдельно, с 1844-45гг. на втором этаже колокольни.
5.Успения Пресвятой Богородицы - 1870г. (перестроена в церковь башня с восточной стороны).
Настоятели Спасо-Суморина монастыря:
Первоначально настоятелями в Спасо-Суморином монастыре были строители. Первым строителем был преподобный Феодосий. Братии при нем в 1555 году, в первый год существования монастыря, было всего семь человек: один иеромонах и шесть чернецов. Затем в рукописном житии Преподобного сказано, что братия в монастыре постепенно умножилась, но до какого числа доходила при жизни Преподобного, неизвестно. За последующее время с кончины преподобного Феодосия (в 1568 г.) до 1620 г. о числе братии в монастыре тоже не сохранилось никаких сведений. За этот период из приписок к духовному завещанию преподобного Феодосия (на обратной стороне) известны только имена трех строителей монастыря: Исайя, дядя Преподобного и его преемник (1568-1571), преемники Исаи - Леонид и Тихон, пострижники Преподобного и упомянутые еще в самом завещании.
С 1620 г. и до момента закрытия монастыря, число братии в монастыре то увеличивалось, то уменьшалось, что зависело от внешних условий и благосостояния монастыря. По переписи 1620 года в Спасо-Суморине монастыре записаны старец Герасим, как управляющий монастырем, и шесть старцев, да "монастырские детеныши", т. е. послушники. В перепись 1623-1625 гг. в монастыре жили строитель Антоний и четыре старца-черноризца, в избах при конюшенном дворе и коровьем дворе - монастырские детеныши. Первым игуменом был Галактион, и затем, начиная с него и до 1683 г., настоятелями монастыря были уже все игумены. Из них за это время известны только пять: Корнилий (1644 г.), Ферапонт (1646 г.), Трифон (1653-1654гг.), Иона (1676-1679гг.) и Зосима(1681 -1683 гг.).
С 1683 г. и по 1764 г. настоятелями были большею частью архимандриты. В это время состояние монастыря значительно улучшилось, а вместе с этим и число братии увеличилось. Были годы, когда число одних иеромонахов доходило до девяти, а всей братии числилось около 40-50 человек. Первым архимандритом был Игнатий (с 1683 г.).
В 1764 году при введении духовных штатов Тотемский Спасо-Суморин монастырь был оставлен за штатом. При этом все деревни и прочие владения были отобраны от монастыря в экономическое ведомство, монастырь и братия, которой было положено только семь человек, оставлены на своем содержании. Положение монастыря было очень плохое: содержался он только на подаяния местных жителей. С этого времени состояние обители с каждым годом стало ухудшаться, а вместе с тем и число братии уменьшалось. В 1796 году, в год обретения мощей преподобного Феодосия, в монастыре был только один старец строитель и два послушника. С этого же года число братии в монастыре стало постепенно возрастать, строитель Израиль в 1797 году был возведен в сан игумена, и настоятельство игуменское продолжалось до 1844 г., когда настоятель монастыря игумен Нафанаил был посвящен в архимандриты. При нем в 1850 году братии числилось, кроме архимандрита и 2 игуменов, 35 человек.
С 20 октября 1866 г. указом Священного Синода после архимандрита Нафанаила настоятелем монастыря был определен уволенный за болезнею от управления Вятской епархией преосвященный Христофор, бывший раньше епископом Вологодским. В 1872 году 11 авг. преосвященный Христофор скончался и был погребен в Введенской церкви монастыря.
С 1873 г. и по 1914 год настоятелями в монастыре были архимандриты: Феодосий (в мире протоиерей Павел Петрович Арсеньевский), Афанасий и Игнатий. При архимандрите Афанасии в 1896 году было празднование столетия обретения мощей преп. Феодосия. В это время братии в монастыре, со всеми бельцами, было 120 человек: архимандрит Афанасий, игумен Феодосий, живший на покое, 6 иеромонахов, один белый священник, 4 иеродиакона, 13 мантейных монахов, 2 рясофорных, 22 послушника из духовного звания и 70 послушников-рабочих. Кроме того, в это же время в монастыре жил на покое преосвященный Нафанаил, бывший епископ Архангельский.
В 1914 году 4 октября настоятелем монастыря определен иеромонах Кирилл, который управлял монастырем до его закрытия. В 1918 году 19 мая настоятель Кирилл был возведен в сан игумена. В этом году братии было: настоятель, 7 иеромонахов, 3 иеродиакона, 12 мантейных монахов, 5 рясофорных, 11 послушников, 15 клиросных послушников и 45 послушников-рабочих, а всего 99 человек.