12 января 1610 года поляки отступили от Троице-Сергиевого монастыря, а 27 февраля оставили под ударами русских войск Дмитров. 12 марта 1610 года полки Скопина-Шуйского вступили в столицу, а 29 апреля он после недолгой болезни скончался. Русская армия в это время готовилась выйти на помощь Смоленску, который с сентября 1609 года был осаждён войсками польского короля Сигизмунда III. Поляки и запорожцы овладели городами северской земли; население Стародуба и Почепа полностью погибло во время вражеского штурма; Чернигов и Новгород-Северский сдались.
4 июля 1610 года состоялась Клушинская битва, в результате которой польская армия (Жолкевский) разбила русско-шведское войско под командованием Дмитрия Шуйского и Якоба Делагарди; в ходе битвы немецкие наёмники, служившие у русских, перешли на сторону поляков. Полякам открылся путь на Москву.
Семибоярщина
Поражение войск Дмитрия Шуйского от поляков под Клушиным (24 июня/4 июля 1610 г.) окончательно подорвало шаткий авторитет «боярского царя», и при известии об этом событии в Москве произошёл переворот. В результате боярского заговора Василий Шуйский был смещён, Москва присягнула на верность польскому королевичу Владиславу, а 20-21 сентября польские войска вступили в столицу. Однако, грабежи и насилия, совершаемые польско-литовскими отрядами в русских городах, а также межрелигиозные противоречия между католицизмом и православием вызвали неприятие польского господства — на северо-западе и на востоке ряд русских городов «сели в осаду» и отказывались присягать Владиславу. Фактическое управление в это время осуществляла т. н. Семибоярщина — совет из семи бояр.
Ополчения
В марте 1611 года к стенам Москвы подступило 1-е Ополчение Ляпунова, князя Дмитрия Трубецкого и атамана Заруцкого. Был освобожден Белый и часть Китай-города. На «Совете всея земли» было выбрано правительство, во главе которого стояли Ляпунов, Трубецкой и Заруцкий. Совет собирал налоги, разбирал распри между дворянами. Однако в результате распри на военном совете восставших казаков Ляпунов был убит, а оставшиеся войска под предводительством Дмитрия Трубецкого и Заруцкого держали осаду Кремля до прихода второго ополчения. В том же году крымские татары, не встречая отпора, разоряют Рязанский край. Смоленск после долгой осады был захвачен поляками, а шведы, выйдя из роли «союзников», разоряли северные русские города.
Перед подходом ополчения, 17 марта 1611 года польский гарнизон, приняв спор на рынке за начало восстания, устроил резню в Москве. В итоге только в Китай-городе погибло 7 тысяч москвичей.
Второе ополчение 1612 года возглавил нижегородский земский староста Кузьма Минин, который пригласил для предводительства военными операциями князя Пожарского. В феврале 1612 года ополчение двинулось к Ярославлю, чтобы занять этот важный пункт, где скрещивалось много дорог. Ярославль был занят; ополчение простояло здесь четыре месяца, потому что надо было «строить» не только войско, но и «землю». Пожарский хотел собрать «общий земский совет» для обсуждения планов борьбы с польско-литовской интервенцией и того, «как нам в нынешнее злое время безгосударными не быть и выбрать бы нам государя всею землёю». Для обсуждения предлагалась и кандидатура шведского королевича Карла-Филиппа, который «хочет креститься в нашу православную веру греческого закона». Однако земский совет не состоялся.
Около 20 (30) августа 1612 ополчение из Ярославля двинулось под Москву. В сентябре второе ополчение нанесло поражение войскам гетмана Ходкевича, пытавшегося соединиться с польским гарнизоном, контролировавшим Московский кремль.
22 октября (1 ноября) 1612 ополчение под предводительством Кузьмы Минина и Дмитрия Пожарского штурмом взяли Китай-город; гарнизон Речи Посполитой отступил в Кремль. Князь Пожарский вступил в Китай-город сКазанскою иконой Божьей Матери. 26 октября командование польского гарнизона подписало капитуляцию, выпустив тогда же из Кремля московских бояр и других знатных лиц; на следующий день гарнизон сдался.
Выборы царя
По взятии Москвы, грамотой от 15 ноября, соправители русского государства Пожарский и Трубецкой созвали представителей от городов, по 7 человек, для выбора царя. Сигизмунд вздумал было идти на Москву, но у него не хватило сил взять Волок, и он ушёл обратно.
В январе 1613 г. съехались выборные от всех сословий, включая крестьян. Собор (то есть всесословное собрание) был один из самых многолюдных и наиболее полных: на нём были представители даже чёрных волостей, чего не бывало прежде. По мнению историка Ключевского, Земский собор 1613 года был первым всесословным собором. Когда выборные прибыли в столицу, был назначен трехдневный пост, которым представители сословий всей страны хотели очиститься от грехов перед выборами нового государя. По окончанию поста начались совещания. Вопрос о выборе государя из числа иностранных правителей был решен отрицательно. Однако и ни один из русских кандидатов сразу не встретил единогласной поддержки. Выставлено было четыре кандидата: В. И. Шуйский, Воротынский, Трубецкой и Михаил Фёдорович Романов. Современники обвиняли Пожарского, что и он сильно агитировал в свою пользу.
Выборы были очень бурные. Сохранилось предание, что патриарх Филарет требовал ограничительных условий для нового царя и указывал на своего сына как на самого подходящего кандидата. Выбран был действительно Михаил Фёдорович, и несомненно, ему были предложены те ограничительные условия, о которых писал Филарет: «Предоставить полный ход правосудию по старым законам страны; никого не судить и не осуждать высочайшей властью; без собора не вводить никаких новых законов, не отягчать подданных новыми налогами и не принимать самомалейших решений в ратных и земских делах».
Избрание состоялось 7 февраля, но официальное объявление было отложено до 21-го, чтобы за это время выведать, как примет народ нового царя. С избранием царя кончилась смута, так как теперь была власть, которую признавали все и на которую можно было бы опереться.