Формально філософська система Сковороди укладається в один рядок. Основа цієї системи полягає в існуванні "двох натур" і "трьох світів". Розшифровка існування "двох натур" слідує безпосередньо з трактату "Про Бога": "…Весь світ складається з двох натур: одна - видима, друга - невидима. Видима натура зветься твар, а невидима - Бог. ... у стародавніх [ людей ] Бог звався “розум всесвітній”. Йому в них були різні імена: натура, буття речей, вічність, час, доля, необхідність, фортуна та ін. А в християн найвідоміші йому імена такі: дух, Господь, цар, отець, розум, істина. ... Що ж до видимої натури, то їй також не одне ім'я, наприклад: речовина чи матерія, земля, плоть, тінь та ін. …".[2]
Питання про Бога, який складає першооснову усього сущого - "вищу всіх причин причину", внутрішню причину розвитку всього світу, є одним з основних питань в філософській системі Сковороди. Своїм уявленням про Бога він поставив себе в опозицію по відношенню до церкви, що дотримується біблійної легенди про створення світу Богом протягом шести днів. На відміну від церковного, його Бог - вічний початок - невловимий і невидимий, оскільки він, "будучи присутнім у всім, не є ні частиною, ні цілим, не має міри, часової і просторової характеристики". Таке розуміння Бога, що ототожнюється з природою, отримало в філософії назву пантеїзму. Сам термін "пантеїзм" був уперше введений англійським філософом Джоном Толандом, хоч уявлення про тотожність Бога і природи були закладені ще нідерландським філософом Бенедіктом Спінозою.
Представлення Сковороди не можна віднести ні до чистого ідеалізму, ні до чистого матеріалізму. У нього Бог і матерія співіснують поряд, хоч невидима натура завжди первинна - тобто у Сковороди мета розвитку матерії задана Богом. Оскільки будь-який розвиток світу розуміється Сковородою як здійснення мети, то розвитком управляють внутрішні закони, які визначають можливі кордони саморозвитку. Ці кордони саморозвитку задані Богом і від людей не залежать. Творчість же можлива тільки в рамках відведених Богом - природними законами - кордонів.
Розберемо тепер, що ж переховується під існуванням "трьох світів", кожний з яких також володіє двома натурами - видимою і невидимою.
Першим і головним світом у Сковороди є весь Всесвіт - макрокосм. Макрокосм включає в себе все народжене в цьому великому світі, складеному з паралельних незліченних світів. У цьому світі немає ні початку, ні кінця - він вічний і безмежний. Метою пізнання цього світу є не опис окремих предметів, а розкриття їх невидимої натури - збагнення їх внутрішнього значення, бо через внутрішню суть окремих речей можна осягнути "таємні пружини розвитку всього Всесвіту". При цьому Сковорода вважає, що внутрішня невидима суть речей завжди пов'язана з видимою через зовнішню форму, яка визначається мірою, ритмом, симетрією, пропорцією.
Другим з "трьох світів" є малий світ - мікрокосм - світ людини. Звернемося до трактату під назвою "Симфонія, названа книга АСХАНЬ, про пізнання самого себе". У цьому трактаті від імені одного з дійових осіб - "Друга" - задається питання з подальшою на нього відповіддю: "…А що ж таке людина? Що б воно не було: чи діло, чи дія, чи слово - все те марнота, якщо воно не отримало свого здійснення в самій людині. ...вся оця різновида плоть, уся незмірна незліченність і видимість сходиться в людині і пожирається в людині. …".[3]
Отже, згідно з представленнями Сковороди, все, що здійснюється в світі - макрокосмі, знаходить своє завершення в людині - мікрокосмі. З позицій вчення Сковороди можливості пізнання світу людиною нічим не обмежені. Прагнення людини до пізнання ототожнюється з прагненням людини до Бога без посередників, бо Богом є сама природа, а людина - її витвір, - пізнаючи Бога - пізнає самого себе. У цьому значенні Сковорода заперечує агностицизм - вчення про непізнаваність світу.
Дуже тонким моментом в теорії пізнання Сковороди є той факт, що він не зв'язує множення людиною своїх пізнань із зростанням матеріальних потреб, задовільнення яких розуміється як досягнення людського щастя. Швидше навпаки: чим краще людина пізнає саму себе і оточуючий її світ, тим розумніше і скромніше повинні бути її потреби.
Ця думка особливо яскраво виражена в "Притчі, названій "Еродій":
“…Вмій малим ти вдовольняться. За великим не женися,
Сіті кинуто на лови, їх ти вельми бережися.
Я кажу вам, що не треба у розкошах жити,
На таких, кажу, повсюди розпинають сіті.
Триста впало у неволю з пристрасті в цім часі,
Шістсот плачуть у хворобах – дуже були ласі. …”.[4]
Що ж до щастя, то як буде показано нижче, воно пов'язане не із задоволенням все зростаючих матеріальних потреб, а з радістю праці.
Існуючий же світ Сковорода характеризував в одному трактаті як: "світ є бенкет скажених, торжище що хитаються, море що хвилюються, пекло що мучаться", а в іншому, як: "світ є море що топляться, країна є виразкою прокажених, огорожа лютих левів, острог приваблених, торжище блудних, піч, роспаляюча пристрасті, бенкет скажених, хоровод п'яно-навіжених, і не протверезяться, поки не втомляться, стисло сказати, сліпі за сліпим в безодню грядущі".
Можливість подолання людиною моральних вад Сковорода зв'язує не із зовнішніми обставинами, а з внутрішніми якостями людини. Взагалі науку про людину Сковорода вважає вищою з всіх наук. Людське щастя він розглядає тільки через призму внутрішньої натури людини. З філософії Сковороди слідує, що внутрішня натура, в кінцевому результаті, виражається через взаємодію з певним виглядом праці. Тема "спорідненої праці" - ця одна з самих найважливіших тем, що розвиваються Сковородою. Ця тема перейшла з його байок в філософію і досягла такої висоти, що придбала значення загального принципу, що визначає не тільки людське щастя, але навіть значення людського буття.
Третім - з існуючих "трьох світів" - є символічний світ, що ототожнюється Сковородою з Біблією. Біблії також приписується існування двох натур - зовнішньої і внутрішньої. Сковорода вважає, що представлені в Біблії легенди - це фантазія, обман, фальсифікація, небилиці, брехня, з одного боку, але в них закладене таємниче значення, корисне і повчальне знання - з іншого.
Сковорода і сам написав декілька притч з вигаданими образами, але з глибоким внутрішнім значенням. Тому і Біблію він розглядав як інструмент збагнення прихованої таємниці. Збагнення внутрішньої натури Сковорода зв'язує з пізнанням краси. Він вважає, що зовнішня форма - це випадкове, явище, що вноситься в природу, а внутрішня натура - це істинне джерело краси.
Застосовуючи філософію двох натур і трьох світів до людини, Сковорода робить висновок, що людина здійснює прекрасні вчинки і щаслива тільки тоді, коли вона погодить свою поведінку і образ життя зі своїми природними схильностями.