Отношения между Россией и НАТО были установлены в 1991 году. Россия присоединилась к Совету североатлантического сотрудничества. В 1994 году Россия начала участвовать в программе Партнерство ради мира.
После подписания в Париже в мае 1997 года "Основополагающего акта Россия-НАТО о взаимных отношениях, сотрудничестве и безопасности"[5] действовал Совместный постоянный совет (СПС). Встречи совета проходили в двустороннем формате "НАТО+1"[6].
Дипломатическое представительство России при НАТО учреждено в 1998 году.
В 2002 была подписана так называемая Римская декларация "Отношения Россия-НАТО: новое качество". В соответствии с ней 28 мая 2002 года был создан Совет Россия-НАТО. 8 февраля 2003 года Министром обороны России и Генеральным секретарём НАТО Дж. Робертсоном был подписан рамочный документ «Россия — НАТО» о сотрудничестве в области поиска и спасения экипажей подводных лодок.
На 2004 год Россия не только участвует в совместных учениях, но и проводит совместные с НАТО миротворческие операции. С некоторыми членами НАТО у России есть договоры о военно-техническом сотрудничестве и совместной разработке различных продуктов военного назначения. Министерством обороны России решается задача повышения степени оперативной совместимости подразделений российских Вооружённых сил и войск НАТО для успешного осуществления совместных мероприятий.
7 июня 2007 года президент России подписал федеральный закон № 99 «О ратификации соглашения между государствами-участниками Североатлантического договора и другими государствами, участвующими в программе „Партнерство ради мира“, о статусе Сил от 19 июня 1995 года и Дополнительного протокола к нему».[11] Оппозиция считает, что этот документ позволяет НАТО размещать свои войска на территории России[12].
19 августа 2008 года — по инициативе Альянса, в связи с грузино-югоосетинским конфликтом была приостановлена деятельность совета Россия-НАТО. Заседания СРН были возобновлены на разных уровнях в декабре 2009 - январе 2010 года.[15]
22 августа 2008 года — российской стороной было прекращено сотрудничество с НАТО. По заявлению постоянного представителя России при НАТО Дмитрия Рогозина, это решение носит временный характер и будет оставаться в силе "до принятия политическим руководством России особого решения на этот счет".[13][16] Решение о восстановлении сотрудничества было принято в марте 2009 года.[15]
26 августа 2008 года — Генштаб Вооруженных сил РФ выразил недоумение по поводу высокой активности военно-морских сил НАТО в акватории Чёрного моря и наращивании группировки до 18 кораблей. Рост наркотрафика с территории Афганистана вызывает в России крайнюю обеспокоенность: производство наркотиков в этой стране растет. С критикой в адрес объединенного командования силами альянса, а также США выступал директор Федеральной службы России по наркоконтролю Виктор Иванов. По его заявлению, афганский героин становится все более дестабилизирующим фактором. В частности афганские опиаты занимают 90 % рынка наркотиков в России. А плантации в Афганистане сегодня продуцируют в два раза больше наркотиков, чем весь мир 10 лет назад. При этом, как отметил Виктор Иванов, заявление США об отказе уничтожать плантации опийного мака в Афганистане стало своеобразной гарантией неприкосновенности источников наркопроизводства в этой стране[18]. Тем не менее в 2007 году директор департамента общеевропейского сотрудничества МИД России Сергей Рябков заявил, что борьба с наркотрафиком — это то немногое, что реально объединяет Россию с НАТО и даже может служить своего рода «визитной карточкой» сотрудничества России с Альянсом.
Россия сотрудничает с НАТО по вопросу военной операции в Афганистане. Российская сторона заключила с США (в 2009 г.) и ФРГ (в 2008 г.) соглашения о транзите через свою территорию военных грузов для войск, участвующих в Международных силах содействия безопасности[20][21] (См Северная распределительная сеть). До июня 2012 года через территорию России наземным и воздушным путем было транспортировано 379 000 военнослужащих и 45 000 военных контейнеров в поддержку операции в Афганистане. В октябре 2009 года заместитель директора государственной корпорации Ростехнологии Дмитрий Шугаев заявил, что Россия может на коммерческих условиях предоставить силам НАТО в Афганистане вертолётную технику.