 |
|
|
Архитектура Астрономия Аудит Биология Ботаника Бухгалтерский учёт Войное дело Генетика География Геология Дизайн Искусство История Кино Кулинария Культура Литература Математика Медицина Металлургия Мифология Музыка Психология Религия Спорт Строительство Техника Транспорт Туризм Усадьба Физика Фотография Химия Экология Электричество Электроника Энергетика |
Основные правила интерпретации результатов
Результатом исследования лекарственной устойчивости ВИЧ является список выявленных мутаций вируса, приводящих к фенотипическим изменениям, выражающихся в способности к репликации в присутствии АРВ препарата. Выявленные мутации принято обозначать кодом «аминокислота-кодон-аминокислота», отражающим характер замены. Аминокислоты обозначаются однобуквенными кодами; кодон обозначается номером, по сути, указывающим номер аминокислоты в белке (обратной транскриптазе, протеазе, интегразе). Так как нумерация в каждом белке начинается с единицы, следует всегда указывать, о каком белке (гене) идет речь.
Например, мутация устойчивости к ламивудину M184V в гене обратной транскриптазы обозначает замену метионина на валин в позиции 184 аминокислоты. Для проведения интерпретации используют списки известных мутаций резистентности или формализованные алгоритмы виртуального фенотипирования. Данные алгоритмы могут быть включены в программное обеспечение коммерческих тестов для определения лекарственной устойчивости ВИЧ. Однако ввиду постоянного пополнения баз данных мутаций устойчивости ВИЧ и усовершенствовании алгоритмов интерпретации рекомендуется использовать международные открытые базы данных, размещенные в сети интернет. ВОЗ рекомендует использование для интерпретации результатов базу данных и алгоритмы Стэнфордского университета адрес в интернет (http://www.hivdb.stanford.edu/). Зеркало алгоритма интерпретации результатов Стэнфордского университета на русском языке реализовано во «Всероссийской базе данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам» адрес в интернет (http://www.hivresist.pcr.ru). На обоих ресурсах возможна интерпретация как введенной в специализированное окно нуклеотидной последовательности ВИЧ, так и загруженных файлов с последовательностями fasta. Результаты интерпретации представлены в таком виде, что для каждого препарата из группы ингибиторов протеазы и обратной транскриптазы указывается степень устойчивости ВИЧ по шкале чувствительности к препарату (устойчивость низкой, средней или высокой степени). Наличие устойчивости высокой степени является строгим показанием к замене препарата, устойчивости средней и низкой степени допускает сохранение препарата при введении в схему других препаратов, к которым вирус полностью чувствителен (актуально при мультирезистентности). Мутации резистентности ВИЧ к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы (НИОТ), (Stanford HIV Drug Resistance Database summary June 22, 2013)
Поиск по сайту: |