Многие ферменты являются конъюгированными белками, содержащими простетические группы, не имеющие в своем составе аминокислот. Конъюгированный белок принято называть холоферментом,он может диссоциировать на белковый компонент — апоферменти небелковую простетическую группу — кофактор. Например, красновато-коричневая каталаза диссоциирует в кислой среде с образованием бесцветного апофермента и феррипротопорфирина. Некоторые ферменты содержат металлы, нередко весьма прочно связанные с белком и отделяющиеся только при денатурации фермента. Некоторые металлы непосредственно участвуют в каталитическом процессе. Металлы могут участвовать в поддержании нативной конформации фермента, и в этом случае их часто называют активаторами.
Некоторые органические кофакторы ферментов действуют как акцепторы или доноры атомов или функциональных групп, которые удаляются от субстрата или присоединяются к нему. Такие кофакторы часто легко диссоциируют из комплекса с ферментом, и в этом случае их принято называть коферментами. Более строго их следовало бы рассматривать как косубстраты, поскольку они вместе с субстратами стехиометрически участвуют в каталитической реакции. Например, фермент Е содержит кофермент С и реагирует с субстратом АН2:
ЕС + АН2 A+ Е •СН2
Одна молекула Е С реагирует с одной молекулой АН2, образуя молекулы А и Е СН2, при этом атомы водорода ковалентно связываются с С. Прежде чем сможет осуществиться превращение следующей молекулы АН2, молекула
Е•СН2 должна возвратиться в состояние Е•С. Это может быть осуществлено другим ферментом, катализирующим реакцию
Е•СН2 + В Е•С + ВН2
или путем диссоциации СН2 из комплекса с ферментом и превращения в С в результате еще одной ферментативной реакции.
Известны сотни ферментов, для функционирования которых необходимы металлы или органические кофакторы, однако количество металлов и кофакторов в организме ограничено. Многие органические кофакторы не могут синтезироваться в организме млекопитающих и являются необходимыми компонентами пищи, или витаминами. Примерами кофакторов являются никотинамидадениндинуклеотид NAD, содержащий витамин никотинамид и флавинадениндинуклеотид FAD, содержащий витамин рибофлавин.